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- あつの おうじ
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1 解 析 の 実 践 (blast mapping assemble)
2 検 索 前 の 準 備 1. gw.ddbj.nig.ac.jpにログイン ssh [user 2. 解 析 ノードにログイン qlogin 3. Pathの 設 定 emacs ~/.bashrc PATH= $PATH :/usr/local/bin:/usr/local/pkg/bowtie2/currentという 行 を 追 加 ~はホームディレクトリ ( 例 :/home/hidekih15) ホームディレクトリの 表 示 ;pwd 4. ファイル 名 の 補 完 set autolist 5..bashrcの 反 映 source.bashrc (プログラム 本 体 ) *Blast (version ) /usr/local/bin/blastall *Bowtie 2 (2.0.0-beta6) /usr/local/pkg/bowtie2/current/bowtie2 *SOAPdenovo (1.05) /usr/local/bin/soapdenovo #.bashrc # Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrc fi alias emacs='emacs -nw' alias rm='rm -i' alias cp='cp -i' alias mv='mv -i' set autolist PATH="$PATH":/usr/local/bin:/usr/local/pkg/bowtie2/current
3 BLAST 検 索 1. 使 用 するデータ (1) 問 い 合 わせ 配 列 (クエリー) /home/hidekih15/lecture/data/blast/query/ * 遺 伝 子 の 塩 基 配 列 : test_nt.fa * 遺 伝 子 のアミノ 酸 配 列 : test_aa.fa (2) データベース (サブジェクト) *NIG SuperComputerに 登 録 されているDBを 対 象 とした 場 合 /usr/local/seq/blast/uniprot/swissprot # 例 :SWISSPROT * 手 元 の 配 列 を 対 象 とした 場 合 /home/hidekih15/lecture/data/blast/db/s_aureus_n315_chr.fa # ゲノム 塩 基 配 列 /home/hidekih15/lecture/data/blast/db/s_aureus_n315_orfs_aa.fa # 遺 伝 子 のアミノ 酸 配 列
4 2. データのコピー (1) cd ~ #ホームディレクトリへの 移 動 (2) mkdir test # 解 析 用 ディレクトリの 作 成 (3) cd test (4) mkdir BLAST (5) cd BLAST (6) mkdir query # 1から6は mkdir p ~/test/blast/query でも 可 能 (7) cd query (8) cp /home/hidekih15/lecture/data/blast/query/test_nt.fa. (9) cp /home/hidekih15/lecture/data/blast/query/test_aa.fa. # 8と9は cp /home/hidekih15/lecture/data/blast/query/*.fa. でも 可 能 3. BLASTライブラリの 作 成 (1) cd ~/test/blast (2) mkdir db (3) cd db (4) cp /home/hidekih15/lecture/data/blast/db/*.fa. (5) formatdb -i S_aureus_N315_chr.fa -p F # 塩 基 配 列 の 場 合 formatdb -i S_aureus_N315_ORFs_aa.fa -p T # アミノ 酸 配 列 の 場 合
5 4. BLASTの 実 行 (1) cd ~/test/blast/query/ (2) blastall -p [program name] -a [# of CPUs] -d [Library file name] -i [query filename] -o [output filename] # 基 本 コマンド 例 )クエリーがアミノ 酸 配 列 (test_aa.fa) データベースがSWISSPROT(アミノ 酸 配 列 )の 場 合 blastall -p blastp -a 8 -F F -d /usr/local/seq/blast/uniprot/swissprot -i test_aa.fa -o test_vs_swissprot.bp # 結 果 の 閲 覧 : less test_vs_swissprot.bp 例 )クエリーが 塩 基 配 列 (test_nt.fa) デーベースがSWISSPROT(アミノ 酸 配 列 )の 場 合 blastall -p blastx -a 8 -F F -d /usr/local/seq/blast/uniprot/swissprot -i test_nt.fa -o test_vs_swissprot.bx 例 )クエリーが 塩 基 配 列 (test_nt.fa) データベースが 塩 基 配 列 の 場 合 blastall -p blastn -a 8 -F F -d ~/test/blast/db/s_aureus_n315_chr.fa -i test_nt.fa -o test_vs_n315_chr.bn 例 )クエリーがアミノ 酸 配 列 (test_aa.fa) データベースがアミノ 酸 配 列 の 場 合 blastall -p blastp -a 8 -F F -d ~/test/blast/db/s_aureus_n315_orfs_aa.fa -i test_aa.fa -o test_vs_s_aureus_n315_orf.bp BLASTのプログラムの 種 類 プログラム 名 BLASTN BLASTP TBLASTN BLASTX 問 い 合 わせ 配 列 (クエリー) 塩 基 配 列 アミノ 酸 配 列 アミノ 酸 配 列 塩 基 配 列 データベース (サブジェクト) 塩 基 配 列 アミノ 酸 配 列 塩 基 配 列 アミノ 酸 配 列
6 BLASTのオプション 表 示 blastall -p Program Name [String] -d Database [String] default = nr -i Query File [File In] default = stdin -e Expectation value (E) [Real] default = m alignment view options: 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing identities, 2 = query-anchored no identities, 3 = flat query-anchored, show identities, 4 = flat query-anchored, no identities, 5 = query-anchored no identities and blunt ends, 6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends, 7 = XML Blast output, 8 = tabular, 9 tabular with comment lines 良 く 使 うオプション -e: E-valueの 閾 値 ( 例 :-e 1e-10) -m : テーブル 形 式 の 表 示 ( 例 :-m 8) -v : リストの 最 大 表 示 数 ( 例 :-v 5) -b : アライメントの 最 大 表 示 数 ( 例 : -b 5) (FASTAのコマンド) fasta36 -Q test_aa.fa /home/hidekih15/lecture/data/blast/db/s_aureus_n315_ ORFs_aa.fa > test_vs_s_aureus_n315_orf.fasta36
7 1. 用 いるファイル イルミナリードのマッピング(Bowtie 2) リファレンスゲノム ( 黄 色 ブドウ 球 菌 N315 株 ) /home/hidekih15/lecture/data/blast/db/s_aureus_n315_chr.fa # NCBIのgenomeから 入 手 ; イルミナリード (100 bp paired-end reads; DRAから 入 手 したもの) /home/hidekih15/lecture/data/illumina/ MRSA_SRR583008_50x_1.fastq MRSA_SRR583008_50x_2.fastq 2. 作 業 ディレクトリ mkdir p ~/Mapping/ref cd ~/Mapping/ref cp /home/hidekih15/lecture/data/blast/db/s_aureus_n315_chr.fa. Fastqファイルの 例 (リード 名 ) GTATTTCCTAGGACATATAGAGGAACATTCAACGTAAAATTCCCG ( 配 列 ) + (コメント 行 ) CBBFFFFFHHHHFHIJJJJJJJIJJJJJJJJJJJIJJIJJJJJJI (QV 値 ) 3. リファレンスのインデクシング bowtie2-build -f S_aureus_N315_chr.fa S_aureus_N315_chr.fa > S_aureus_N315_chr.log 4. リードのアライメント cd ~/Mapping bowtie2 -I 200 -X 500 -x./ref/s_aureus_n315_chr.fa -1 ~/lecture/data/illumina/mrsa_srr583008_50x_1.fastq -2 ~/lecture/data/illumina/mrsa_srr583008_50x_2.fastq -p 4 -S S_aureus_pe275.sam >& MRSA_SRR583008_50x_bowtie2.out ## オプションの 説 明 ## bowtie2 -I [minimum insert size] -X [maximum insert size] -x [indexed reference name] -1 [paired-end read_1] -2 [paired-end read_2] -p [number of threads] -S [name of output sam file]
8 出 力 結 果 reads; of these: (100.00%) were paired; of these: (9.23%) aligned concordantly 0 times (88.24%) aligned concordantly exactly 1 time (2.52%) aligned concordantly >1 times pairs aligned concordantly 0 times; of these: (40.47%) aligned discordantly 1 time pairs aligned 0 times concordantly or discordantly; of these: mates make up the pairs; of these: (91.08%) aligned 0 times 4958 (6.28%) aligned exactly 1 time 2087 (2.64%) aligned >1 times Tablet 94.99% overall alignment rate マッピング 結 果 のビューワ: Tablet, IGV Tablet: samtools index S_aureus_pe275.bam IGV:
9 SNPs/indels の 検 出 (Samtools) 1. samアライメントファイルの bamフォーマットへの 変 換 とリファンレンス 上 の 位 置 に 従 ったソート samtools view -Sb S_aureus_pe275.sam samtools sort - S_aureus_pe275 (S_aureus_pe275.bamファイルが 出 力 される) 2. SNPs/indelsの 抽 出 samtools mpileup -ubf./ref/s_aureus_n315_chr.fa S_aureus_pe275.bam bcftools view -vc -i > S_aureus_pe275.vcf 3. vcf ファイルのフィルタリング(variant qualityに 基 づく) awk '$6>=100' S_aureus_pe300.vcf > S_aureus_pe300.filt-Q100.vcf VCFファイルの 例 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO scaffold A C 31. DP=36;.. GT:PL:GQ 0/1:61,0,54:56 ll%20format/vcf-variant-call-format-version-41 SNPアノテーション DP=36:クオリティ DP4=15,0,20,0: 厚 み REFと 同 一 リード 数 :15(+) 0(-) ALTと 同 一 リード 数 :20(+) 0(-) SnpEff, SnpSift: Annovar: sam (Sequence Alignment / Map) bam (Binary version of a sam file)
10 イルミナリードのアセンブル 1. 用 いるファイル イルミナリード *101 bp paired-end reads(インサートサイズ:180 bp) /home/hidekih15/lecture/data/illumina/ frag_1.fastq frag_2.fastq * 37 bp mate-pair reads (インサートサイズ:3,500 bp) shortjump_1.fastq shortjump_2.fastq 2. SOAPdenovo 用 の 設 定 ファイル(configure.txt; 次 ページ)の 作 成 アセンブル 前 に 設 定 ファイルを 準 備 する 必 要 がある リードファイルの 場 所 リード 長 アセンブル 手 順 等 の 設 定 をconfigure.txtファイルに 記 入 configureファイルは を 参 考 にして 独 自 に 作 成 cd ~/lecture/assembly cp ~/lecture/data/soapdenovo/configure.txt. # PEのみの 場 合 SOAPdenovo-31mer all -s configure.txt -K 31 -d -D -L 500 -o S_aureus_pe -p 4 > S_aureus_pe.log cp ~/lecture/data/soapdenovo/configure_pe_mp.txt. # PE と MPを 混 ぜた 場 合 SOAPdenovo-31mer all -s configure_pe_mp.txt -K 31 -d -D -L 500 -o S_aureus_pe_mp -p 4 > S_aureus_pe_mp.log ## オプションの 説 明 ## オプションの 説 明 は を 参 照 ## 特 に -K と -mの 値 を 変 えて 試 す リード 長 とリードカバレッジによって 最 適 値 が 異 なる SOAPdenovo-127merのみの 実 行 でマニュアル 表 示
11 configure.txt [LIB] #maximal read length max_rd_len=101 #average insert size avg_ins=275 #if sequence needs to be reversed reverse_seq=0 #in which part(s) the reads are used asm_flags=3 #use only first 100 bps of each read #rd_len_cutoff=100 #in which order the reads are used while scaffolding rank=1 # cutoff of pair number for a reliable connection (at least 3 for short insert size) pair_num_cutoff=3 #minimum aligned length to contigs for a reliable read location (at least 32 for short insert size) map_len=32 q1=/home/hidekih15/lecture/data/illumina/mrsa_srr583008_50x_1.fastq q2=/home/hidekih15/lecture/data/illumina/mrsa_srr583008_50x_2.fastq
12 configure_pe_mp.txt [LIB] #maximal read length max_rd_len=100 #average insert size avg_ins=300 #if sequence needs to be reversed reverse_seq=0 #in which part(s) the reads are used asm_flags=3 #use only first 100 bps of each read #rd_len_cutoff=100 #in which order the reads are used while scaffolding rank=1 # cutoff of pair number for a reliable connection (at least 3 for short insert size) pair_num_cutoff=3 #minimum aligned length to contigs for a reliable read location (at least 32 for short insert size) map_len=32 q1=/home/hidekih15/lecture/data/illumina/mrsa_srr583008_50x_1.fastq q2=/home/hidekih15/lecture/data/illumina/mrsa_srr583008_50x_2.fastq [LIB] #maximal read length max_rd_len=37 #average insert size avg_ins=3500 #if sequence needs to be reversed reverse_seq=1 #in which part(s) the reads are used asm_flags=2 #use only first 100 bps of each read #rd_len_cutoff=37 #in which order the reads are used while scaffolding rank=2 # cutoff of pair number for a reliable connection (at least 3 for short insert size) pair_num_cutoff=2 #minimum aligned length to contigs for a reliable read location (at least 32 for short insert size) map_len=32 q1=/home/hidekih15/lecture/data/illumina/shortjump_1.fastq q2=/home/hidekih15/lecture/data/illumina/shortjump_2.fastq
13 出 力 結 果 S_aureus_pe.log: ログファイル S_aureus_pe.contig: コンティグ 配 列 S_aureus_pe.scafSeq: スキャフォールド 配 列 S_aureus_pe.scaf: スキャフォールドにおけるコンティグの 位 置 情 報 配 列 情 報 の 解 析 (EMBOSS) infoseq -sequence S_aureus_pe.scafSeq -outfile S_aureus_pe.scafSeq.infoseq infoseq -sequence S_aureus_pe.contig -outfile S_aureus_pe.contig.infoseq
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バイオインフォマティクス 講習会 V 事前準備 が完了されている方は コンテナの起動 ファイルのコピー (Windows) まで 進めておいてください メニュー 1. 環境構築の確認 2. 基本的なLinuxコマンド 3. ツールのインストール 4. NGSデータの基礎知識と前処理 5. トランスクリプトのアッセンブル 6. RNA-seqのリファレンスcDNAマッピングとFPKM 算出 7. RNA-seqのリファレンスゲノムマッピングとFPKM
AJACS18_ ppt
1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ
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V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーして実行してください /home/admin1409/amelieff/ngs/reseq_command.txt マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてください
3.1. Velvet は velveth velvetg の 2 つのプログラムから 構 成 されており 設 定 画 面 でそれぞれのパラメーターを 設 定 可 能 です 3.2. Velvetg については より 詳 細 なパラメーターを 設 定 可 能 です 3.3. Multiplex 解
SEQUENCHER V5.1 の 特 長 株 式 会 社 日 立 ソリューションズ SEQUENCER V5.1 で 新 規 に 追 加 された 機 能 や 改 善 された 機 能 について 以 下 にご 紹 介 いたします 追 加 項 目 および 改 善 項 目 は 項 番 14 16 27 28 32 33 34 を 除 き Windows 版 Macintosh 版 共 に 同 様 の 内
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N G S 解析基礎 講義内容 ファイル形式 データの可視化 データのクオリティチェック マッピング アセンブル 資料の見方 $ pwd 実際に入力するコマンドを黄色い四角の中に示します 2 ファイル形式 NGS 解析でよく使われるファイル形式 ファイル形式 fastq bam/sam vcf bed fasta サンプルデータの場所 /home/ ユーザ名 /Desktop/amelieff/1K_ERR038793_1.fastq
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シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life
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リード ゲノム アノテーションインポート 1 Location と Folder ロケーション フォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能です フォルダの一番上位の階層を Location と呼び その下の階層を Folder と呼びます データの保存場所はロケーション毎に設定可能です たとえばあるデータは C ドライブに保存し あるデータは D ドライブに保存するといった事が可能です
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平成 28 年度 NGS ハンズオン講習会 RNA-seq 解析 2016 年 7 27 本講義にあたって n 代表的な解析の流れを紹介します 論 でよく使 されているツールを使 します n コマンドを沢 実 します タイプミスが 配な は コマンド例がありますのでコピーして実 してください 実 が遅れてもあせらずに 課題や休憩の間に追い付いてください Amelieff Corporation All
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平成 28 年度 NGS ハンズオン講習会 Reseq 解析 2016 年 7 月 26 日 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーして実行してください 実行が遅れてもあせらずに 課題や休憩の間に追い付いてください Amelieff Corporation All
141025mishima
NGS (RNAseq) »NGS Now Generation Sequencer»NGS»» 4 NGS(Next Generation Sequencer) Now Generation Sequencer http://www.youtube.com/watch?v=womkfikwlxm http://www.youtube.com/watch?v=mxkya9xcvbq http://www.youtube.com/watch?v=nhcj8ptycfc
<8FEE95F183568358836583808AD69841907D2E786C73>
情 報 システム 関 連 図 (As-Is) 案 件 名 農 林 水 産 省 共 同 利 用 電 子 計 算 機 システムに 係 る システム 最 適 化 計 画 の 策 定 に 係 る 支 援 版 数 作 成 日 作 成 者 個 票 データ 統 計 情 報 処 理 システム 報 告 データ 報 告 データ 報 告 データ 地 方 センター 工 程 取 りまとめセンター 工 程 地 方 農 政 局
unix15-script2_09.key
UNIX講習会 シェルスクリプト2 31/July/2015 情報管理解析室 西出 浩世 SGE ~/unix15/sge $ cd ~/unix15/sge $ ls script* script2.sh script3.sh script4.sh ~/unix15/sge/results sam 12 $ ls results/*.sam $ rm -r results $ cp -r /usr/local/data/unix15/sge/results.
任意の間隔での FTP 画像送信イベントの設定方法 はじめに 本ドキュメントでは AXIS ネットワークカメラ / ビデオエンコーダにおいて任意の間隔で画像を FTP サー バーへ送信するイベントの設定手順を説明します 設定手順手順 1:AXIS ネットワークカメラ / ビデオエンコーダの設定ページ
はじめに 本ドキュメントでは AXIS ネットワークカメラ / ビデオエンコーダにおいて任意の間隔で画像を FTP サー バーへ送信するイベントの設定手順を説明します 設定手順手順 1:AXIS ネットワークカメラ / ビデオエンコーダの設定ページにアクセスする 1.Web ブラウザを起動します FW v6.50 以下の場合は Internet Explorer を FW v7.10 以降の場合は
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2009 Gene Codes Corporation Gene Codes Corporation 775 Technology Drive, Ann Arbor, MI 48108 USA 1.800.497.4939 (USA) +1.734.769.7249 (elsewhere) +1.734.769.7074 (fax) www.genecodes.com [email protected]
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RNA-seq 1 RNA-seq 解析フロー RNA-seq インポート クオリティチェック RNA-seq 発現差解析 この資料では RNA-seq からの説明となりますが インポート クオリティチェックについては サポート資料のページより内容をご確認いただけます 2 データ 発現解析用デモデータは 以下よりダウンロードいただけます ES 細胞 (ESC) と神経前駆細胞 (NPC) の発現解析を小さなデモデータで行えます
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[email protected] BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG
Upload path ファイル送信先ディレクトリのパスを指定します ホームディレクトリに画像を送信する場合は空白のまま サブディレクトリに画像を送信する場合はディレクトリ名を指定します さらに下位のディレクトリを指定する場合は \ マークを利用します 例 ) ホームディレクトリ以下の camera
はじめに 本ドキュメントでは AXIS ネットワークカメラ / ビデオエンコーダのファームウエアバージョン 5.5x 以降で 任意の間隔で画像を FTP サーバへ送信するための設定手順を説明します 設定手順手順 1:AXIS ネットワークカメラ / ビデオエンコーダの設定ページにアクセスする 1. Internet Explorer などの Web ブラウザを起動します 2. Web ブラウザの URL
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V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合
Maeda140303
2014 NGS NIBB - - - - FASTA / FASTQ - BED GFF/GTF WIG - SAM / BAM - SAMtools Web HTML (PC/), OS (Windows/Mac), IE/Chrome/Safari NGS Wet - - NGS - FASTA, FASTQ, csfastq, FASTA/qual, SRA, - BED, GFF/GTF,
<4D6963726F736F667420506F776572506F696E74202D2091E631323589EF88E78EED8A7789EF8CA48B868F5789EF815196E593632E70707478>
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GCCGTAGCTACCTTTACAATA GCCGTAGCT AGCTACC GCTACCTTT CCTTTAC CTTTACAATA GCCG CCGT CGTA GTAG TAGC AGCT AGCT GCTA CTAC TACC GCTA CTAC TACC ACCT CCTT CTTT CCTT CTTT TTTA TTAC CTTT TTTA TTAC TACA ACAA CAAT AATA
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