BRC Annual Report 後列左から宇野佐藤孝石川桐生大野松野岩瀬佐藤香横田野林本庄湯原一石太田中田深海室長野口天野 1. リソース収集維持保存提供事業理研 BRC が扱うリソースの数種類や提供依頼数は非常に多くさらに

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わんどふくだ
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1 1-6. 室長深海薫 Kaoru Fukami 近年のゲノム解析の進展により遺伝子タンパク質細胞個体にいたる様々な研究材料 ( バイオリソース ) が生まれそれに付随する情報も材料と同様に急速に増加しつつあるそれらの情報は研究目的に適った材料を選び活用する上で必要不可欠であり利用者にとって使いやすい検索システムを備えたデータベースとして整備し公開することによりライフサイエンス研究の発展に大いに貢献するものであるでは理研 BRC が取り扱うバイオリソースを中心に国内外の関連機関が保有するバイオリソースに関する所在情報ならびに特性情報を収集しデータベース化し国内外のデータベースと連携したシステムを構築しているまたそれらをバイオデジタルコンテンツとして研究者コミュニティーに公開することによりライフサイエンスにおける研究基盤形成の一翼を担うことをめざしている事業内容では以下のような事業業務を行っている 1. リソース収集維持保存提供事業 (1) リソース情報の収集管理とデータベース開発運用 (2) データベースや検索システムをとおしたリソース情報提供 (3) リソース提供業務支援 2. リソース利用促進事業 (1) リソース入手を簡便にするためのシステム開発運用 (2) リソース情報の発信業務支援 3. リソース情報技術開発事業 (1) リソースデータベース統合のための技術開発 (2) リソース情報解析のための技術開発 (3) リソース情報解析の技術相談職員とメンバー構成室長深海薫 ( 平成 15 年 7 月 ~) 客員主幹研究員鵜川義弘 ( 平成 13 年 11 月 ~) 専任研究員岩瀬秀 ( 平成 14 年 2 月 ~) 太田聡史 ( 平成 15 年 10 月 ~) 先任技師野口守 ( 平成 13 年 4 月 ~) テクニカルスタッフ湯原直美 ( 平成 17 年 4 月 ~) 108

BRC Annual Report 2005 2006 後列左から宇野佐藤孝石川桐生大野松野岩瀬佐藤香横田野林本庄湯原一石太田中田深海室長野口天野 1.

2 BRC Annual Report 後列左から宇野佐藤孝石川桐生大野松野岩瀬佐藤香横田野林本庄湯原一石太田中田深海室長野口天野 1. リソース収集維持保存提供事業理研 BRC が扱うリソースの数種類や提供依頼数は非常に多くさらに今後も増大していくと思われるしたがってリソース収集維持保存提供事業が効率的かつ円滑に行われるためにはリソースやリソース提供業務に関する情報をデータベース化して利用管理しやすくすることそのデータベースを使って業務を行うためのシステムを構築することが必要である扱うリソースや業務内容の変化に応じてそれらを改修して常に現状に即したものにしておくことも不可欠であるさらにリソースが有効に利用されるためにはその所在情報特性情報を利用者にとって使いやすい検索システムを備えたデータベースとして公開しリソースの利便性を高める必要もある情報開発技術室ではこうしたリソース収集維持保存提供事業を遂行する上で必要となる情報技術関連の業務を行っている平成 17 年度においてはまず平成 16 年度より開発に着手したバイオリソース提供システムについて利用者に提供する特性情報の一層の充実を図ったマウス検索システムで GSC マウス特性情報の統合 PCR プロトコールデータの付加を行い DNA 検索システムでは品質管理のための配列データの公表を行ったまた新しく提供を開始したポプラ完全長 cdna クローンの検索システムを開発した平成 18 年度にはマウス系統特性血清生化学検査血球計数体重頭胴長についてホームページからの公開を開始した実験植物開発室の cdna クローンリソースシロイヌナズナヒメツリガネゴケポプラタバコの BLAST 検索システムを開発し運用を開始したいくつかの主要な細胞株においてホームページからの細胞形態写真の画像提供アニメーション GIF による動画の提供を含むを 109

開始したマウス系統ではすでに画像提供を行っていたが 1 系統につき複数枚の写真を掲載するなど提供枚数を増強したこうした開発と平行して各リソースの所在情報ならびに特性情報の更新を随時行い常に最新の情報が提供されるようにしているまた法令ガイドラインの改正などにともなう提供業務内容の変更で必要となったシステムの改修などについても随時行いリソース事業の信頼性継続性の維持に努めている AT

3 開始したマウス系統ではすでに画像提供を行っていたが 1 系統につき複数枚の写真を掲載するなど提供枚数を増強したこうした開発と平行して各リソースの所在情報ならびに特性情報の更新を随時行い常に最新の情報が提供されるようにしているまた法令ガイドラインの改正などにともなう提供業務内容の変更で必要となったシステムの改修などについても随時行いリソース事業の信頼性継続性の維持に努めている AT C G C TAG C AT T TAGC ( ) BRC の事業の流れ図 2. リソース利用促進事業情報開発技術室はまたリソース提供申込に必要な諸手続きを出来るだけオンライン化したり必要な書類を作成するためのツールを開発したりすることでリソースの提供を受ける際の負担を軽減することにも取り組んでいる理研 BRC の各開発室はリソースに関する情報をホームページやメールニュースなどを通して発信しているがそれに関する技術的な支援も行っているさらにホームページ上でミニアンケートを行うことで利用者からの声を吸い上げたりアクセスログの解析を行うことで利用者の動向を探ることにも取り組んでいるこれらの取り組みはリソースのより有効な利用を促進しライフサイエンス研究の発展に貢献することにつながる平成 17 年度には前年度の植物リソースに引き続き遺伝子リソースについても提供申込の支援システムの開発を行ったまた平成 15 年度に開発した利用者登録システムを土台にこのシステムに登録された情報を生物遺伝資源提供同意書 (MTA) などの書類作成に利用し利用者の負担を軽減するツールを開発した平成 18 年度は実験植物開発室のリソース提供についてオンラインオーダーをこれまで以上に活用し業務コストを削減できるよう提供申込システムの機能強化を行った細胞材料開発室のホームページ上でミニアンケートを取 110

るためのシステムを開発し稼動を開始したさらに微生物材料開発室からメールニュースの発信実験動物開発室から英文メールニュースの発信が開始されることになり発信のためのメールシステム整備を行なったこうした開発と平行してホームページの随時変更総合カタログ送付のサポート実験動物開発室細胞材料開発室遺伝子材料開発室からそれぞれ月 1 回のメールニュース発信を行う際の業務

4 るためのシステムを開発し稼動を開始したさらに微生物材料開発室からメールニュースの発信実験動物開発室から英文メールニュースの発信が開始されることになり発信のためのメールシステム整備を行なったこうした開発と平行してホームページの随時変更総合カタログ送付のサポート実験動物開発室細胞材料開発室遺伝子材料開発室からそれぞれ月 1 回のメールニュース発信を行う際の業務支援などを行った 3. リソース情報技術開発事業リソースに付随する既存の情報をそのまま利用者に提供するだけでなく他データベースとの関連付けや統合を行ないそこから得られた情報を研究者コミュニティーに発信するあるいは新たに収集したり独自に解析した結果を付加情報として提供したりもするまたそのために必要な技術開発を行うこうしたことは理研 BRC のリソース事業の先導性を維持していく上で重要なことである平成 16 年度に参加機関の一員となったマウスリソース共通検索システムの JMSR(Japan Mouse Strain Resources) と IMSR(International Mouse Strain Resource) については参加の条件である定期的なデータ更新を継続して行っているこれらの共通検索システムを用いることにより複数の保存機関が独立して管理運用しているマウスリソースのデータベースをインターネット上で一括検索することができる利用者は各リソース保存機関を逐一調べることなく検索結果から所在情報が得られ検索結果からリンクされている個々のデータベースへアクセスすることで特性情報を調べることができる平成 17 年度に開発を開始した文献成果検索システムは平成 18 年度も高速化高度化のための開発を引き続き行いそれと平行して理研 BRC から提供した動物植物細胞遺伝子リソースによる文献成果の追跡調査と公表を行っている細胞株の品質管理の1つとして行われている Short Tandem Repeat- Polymerase Chain Reaction (STR-PCR) 法による遺伝子多型解析では実験結果の解析ならびに解析結果の公開を細胞材料開発室と共同で行っているまた種類の異なるリソースを取り扱っている利点を生かしそれらの特性情報を有機的に結びつけたデータベース検索システムを開発中であるさらに NBRP(National BioResource Project) で構築しているリソース総合検索サイトにおける動物データ細胞データ更新のワークフローを NBRP 情報中核機関との間で確立した現在は月 1 回の頻度で更新が行われている 111

5 研究発表 ( 誌上発表 ) ( 原著論文 ) * は査読制度がある論文誌 1. Mise-Omata S., Obata Y., Iwase S., Mise N., Doi T.S.: Transient strong reduction of PTEN expression by specific RNAi induces loss of adhesion of the cells. Biochem Biophys Res Commun. 328, (2005). * 2. Kiyosawa H., Mise N., Iwase S,, Hayashizaki Y., Abe K.: Disclosing hidden transcripts: mouse natural sense-antisense transcripts tend to be poly(a) negative and nuclear localized. Genome Res. 15, (2005). * 3. Fukami-Kobayashi K., Shiina T., Anzai T., Sano K., Yamazaki M., Inoko H., Tateno Y.: Genome evolution of MHC class I region in primates. Proc Natl Acad Sci USA. 102, (2005). * 4. Yoshino K., Iimura E., Saijo K., Iwase S., Fukami K., Ohno T., Obata Y., Nakamura Y.: Essential role for gene profiling analysis in the authentication of human cell lines. Human Cell 19, (2006). * 5. Ezawa K., OOta S., Saitou N.; Genome-wide search of gene conversions in duplicated genes of mouse and rat. Mol Biol Evol. 23, (2006). * 6. Amano K., Nakamura H., Numa H., Fukami-Kobayashi K., Nagamura Y., Ichikawa H., Natsuo Onodera N.: Self-organizing clustering: non-hierarchical clustering for large scale DNA sequence data. IPSJ Transactions on Bioinformatics. 48, (2007). * 7. Fukami-Kobayashi K., Minezaki Y., Tateno Y., Nishikawa K.: A Tree of Life Based on Protein Domain Organizations. Mol Biol Evol. 24, (2007). * 8. The Rice Annotation Project (Itoh T et al.) Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp. japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana. Genome research. (in press). * ( 総説 ) 1. 太田聡史 : ヒトチンパンジー間の重複現象の解析とゲノムデータの限界, そしてダーウィニアン進化科学 6 月号 (Vol. 76 NO. 6) (2006). ( 書籍 ) 1. 深海 - 小林薫 ( 分担執筆 ): 科学論文がスラスラ書ける! パソコンのやさしい使い方日本コンピュータサイエンス学会監修水島洋廣島彰彦編 ( 羊土社 ) 第 2 章 7 節データベースへの登録 pp (2005). 2. 菅原秀明深海 - 小林薫宮崎智丸山穣 ( 翻訳 ): インターネット生物学 Leonard F.Peruski Jr., Anne Harwood Peruski 著 ( 学会出版センター )(2005). 112

6 3. 深海 - 小林薫 ( 分担執筆 ): DDBJ の利用法五條堀孝菅原秀明編 ( 共立出版 ) 第 3 章 4.1 節アクセッション番号による検索 pp 節キーワード検索 pp63-75 (2005). 研究発表 ( 学会発表 ) ( 国際会議 ) 1. OOta S., Ezawa K., Abe K., Noguchi H., Shiroishi T., Fukami - Kobayashi K., Moriwaki K., Watanabe H., Sakaki Y., Fujiyama A., Saitou N.: Compositional evolution within/between human, chimpanzee, mouse and rat. HUGO's 10th Human Genome Meeting, Kyoto, Japan, Apr. (2005). 2. Ezawa K., OOta S., Saitou N.: Statistical analysis of gene conversion in mouse and rat genomes. HUGO's 10th Human Genome Meeting, Kyoto, Japan, Apr. (2005). 3. Amano K., Nakamura H., Numa H., Nagamura Y., Ichikawa H., Fukami-Kobayashi K.: Frame- Cluster Mapping: Genomewide Analysis for Detection of Localized Signal Regions. GIW2006, Yokohama, Japan, Dec. (2006). ( 国内会議 ) 1. 清澤秀孔三瀬名丹岩瀬秀大久保和央瀬野龍一郎安部一俊 Elizabeth Murchison Greg Hannon 阿部訓也: 組織特異的発生ステージ特異的に変化するナチュラルセンス-アンチセンス遺伝子の発現解析第 7 回日本 RNA 学会弘前 8 月 (2005). 2. 深海薫 : バイオデジタルコンテンツ整備における京速計算機の役割シンポジウム計算科学の戦略と次世代スーパーコンピュータつくば 4 月 (2006). 3. 太田聡史 : コンピューターグラフィックスによる実験用マウスの 3 次元モデル化日本応用数理学会 2006 年度年会つくば 9 月 (2006). 4. 太田聡史 : 新しい実験用マウスの行動表現型測定法とマウス骨格の 3 次元モデルの開発国立遺伝学研究所ミニ研究会数学と遺伝学の接点三島 10 月 (2006). 5. 深海薫 : Take it simple 国立遺伝学研究所タンパク質の構造からゲノム情報解析まで三島年 3 月 (2007). 113

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.i...j...[.X8-2 Vol. 8 No.2 Nov. 2007 1 2 4 12 20 37 45 54 56 62 1 2 3 4 5 7 6 8 9 10 11 13 12 15 14 17 16 19 18 21 20 Hatena 23 22 Oidiodendron Oidiodendron 25 24 Monosiga ovata Monosiga 27 26 Toxoplasma gondii 29 28