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Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC

Microarray Agilent Microarray Total Solution Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC RNA / mirna total

Microsoft Word - 1 color Normalization Document _Agilent version_ .doc

color 実験の Normalization color 実験で得られた複数のアレイデータを相互比較するためには Normalization( 正規化 ) が必要です 2 つのサンプルを異なる色素でラベル化し 競合ハイブリダイゼーションさせる 2color 実験では 基本的に Dye Normalization( 色素補正 ) が適用されますが color 実験では データの特徴と実験の目的 (

GeneChip 遺伝子発現解析

GeneChip 遺伝子発現受託解析についての説明 I.Affymetrix 社 GeneChipシステムの特徴 1)GeneChipのアレイは フォトリソグラフィーとコンビナトリアル ケミストリーを組み合わせた アフィメトリクス社独自の安定性の高い方法で製造 2) 合成ステップを最小限に抑えたGeneChipテクノロジーでは 超高密度で数十万種類にわたる多種類のプローブを搭載したアレイを製造 3)

計算機生命科学の基礎II_

Ⅱ 1.4 atsushi_doi@cell-innovator.com 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/

NGSデータ解析入門Webセミナー

NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing

機能ゲノム学（第6回）

トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ? なぜRNA-Seq? 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所 短所 マイクロアレイ

PowerPoint Presentation

エピジェノミクス解析編 2016/08/10 Filgen ChIP-seq (Transfactor & Histone), Bisulfite webex seminar 株式会社キアゲンアプライドアドバンストゲノミクス宮本真理, PhD 1 アジェンダ ChIP-seq 解析 Transcription Factor ChIP-seq Histone ChIP-seq Bisulfite-seq

IonTorrent RNA-Seq 解析概要 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science

IonTorrent RNA-Seq 解析概要 2017-03 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science 資料概要 この資料は IonTorrent シーケンサーで RNA-Seq (WholeTranscriptome mrna ampliseqrna mirna) 解析を実施されるユーザー様向けの内容となっています

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

プレゼンテーション2.ppt

ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

PowerPoint プレゼンテーション

V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合

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NGS をはじめよう!RNA-Seq 入門 ( キットの選び方 実験デザイン ) April 18, 2014 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,

111031_Sure Selectカタログ_改訂_最終.indd

Integrated Biology Solutions 2009 1 Nature, Science, Am. J. Human Genet. 1 120 mer 2 DNA crna 120 mer crna DNA crna DNA 1 Publication Compendium p/n5990-7233en 2Nat Biotechnol. 2009 Feb;272:182-9. Epub2009

Qlucore_seminar_slide_180604

シングルセル RNA-Seq のための 情報解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 シングルセル RNA-Seq シングルセル RNA-Seq のデータ解析では 通常の RNA-Seq データの解析手法に加え データセット内の各細胞の遺伝子発現プロファイルの違いを俯瞰できるような 強力な情報解析アルゴリズムと データのビジュアライズ機能を利用する必要がある

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

PrimerArray® Analysis Tool Ver.2.2

研究用 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 説明書 v201801 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 は PrimerArray( 製品コード PH001 ~ PH007 PH009 ~ PH015 PN001 ~ PN015) で得られたデータを解析するためのツールで コントロールサンプルと 1 種類の未知サンプル間の比較が可能です

論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析

論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている

ChIP-seq

ChIP-seq 1 ChIP-seq 解析原理 ChIP サンプルのフラグメントでは タンパク質結合部位付近にそれぞれ Forward と Reverse のリードがマップされることが予想される ChIP のサンプルでは Forward と Reverse のリードを 3 側へシフトさせ ChIP のピークを算出する コントロールサンプルでは ChIP のサンプルとは異なり 特定の場所に多くマップされないため

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント

nagasaki_GMT2015_key09

Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

Genome-Wide Genetic Analysis More flexibility. More content. CGH CGH CGH CGH Comparative Genomic Hybridization CGH2 DNA KaryotypingFISH CGH BACBacteri

LOH/UPD Genome-Wide Genetic Analysis More flexibility. More content. CGH CGH CGH CGH Comparative Genomic Hybridization CGH2 DNA KaryotypingFISH CGH BACBacterial Artificial Chromosome acgh 60 mer 0.06 kb*

遺伝子ネットワーク解析

1.3 atsushi_doi@cell-innovator.com 6-10-1 I 2 http://www.cell-innovator.com 1 2 23andMe, GeneQuest, MYCODE DNA RNA DNA RNA DNA A, T, G, C RNA or = BioCyc (EcoCyc) KEGG Reactome WikiPathways TRANSPATH

Agilent 1色法 2条件比較 繰り返し実験なし

GeneSpring GX11.0.2 ビギナーズガイド Agilent 1 色法 2 条件の比較繰り返し実験あり 適用 薬剤非投与と投与の解析 Wild type と Knock out の解析 正常細胞と病態細胞の解析 など ビギナーズガイドは 様々なマイクロアレイの実験デザインがあるなかで 実験デザインの種類ごとに適切なデータ解析の流れを 実例とともに紹介するガイドブックです ご自分の実験デザインに適合したガイドをお使いください

生物工学会誌 第95巻 第5号　バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます！【第5回】

生物工学会誌第 95 巻第 5 号 Cytoscape Cytoscape Cytoscape 1) 15 Cytoscape Web 2) Mac Windows Linux OS Cytoscape GML BioPAX PSI-MI KGML SBML Pathway Commons IntAct BioMart Igraph Bioconductor PDF PS SVG PNG JPEG

Untitled

上原記念生命科学財団研究報告集, 25 (2011) 86. 線虫 C. elegans およびマウスをモデル動物とした体細胞レベルで生じる性差の解析 井上英樹 Key words: 性差, ストレス応答,DMRT 立命館大学生命科学部生命医科学科 緒言性差は雌雄の性に分かれた動物にみられ, 生殖能力の違いだけでなく形態, 行動などそれぞれの性の間でみられる様々な差異と定義される. 性差は, 形態や行動だけでなく疾患の発症リスクの男女差といった生理的なレベルの差異も含まれる.

NGS_KAPA RNA HyperPrep Kit

シークエンシングワークフロー ライブラリー調製 サンプル 調製 末端修復 エンドポイントライブラリー増幅 A-TAILING アダプター ライゲーション サイズセレクション & サイズ確認 または リアルタイムライブラリー増幅 ライブラリー 定量 クラスター 増幅 KAPA RNA HyperPrep Kit illumina社用ライブラリー調製キット KAPA RNA HyperPrep Kit

プレゼンテーション3

ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG

AJACS_komachi.key

Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:

KEGG_PATHWAY.ppt

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 様々な種類のデータを 生命現象の総体 として再構築 ツールの提供 EGassembler KAAS GENIES ネットワークの知識 ツールの提供 e-zyme pathcomp 高次機能 機能の階層分類 相互参照用データ

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上原記念生命科学財団研究報告集, 24(2010) 164. 消化器癌におけるエピジェネティックな microrna 異常の解析 鈴木拓 Key words: 胃癌, 大腸癌,microRNA, DNA メチル化, 癌抑制遺伝子 札幌医科大学医学部内科学第一講座 緒言 microrna( 以下 mirna) は 18 ~ 22 塩基程度の短い non-coding RNA であり, 分化 増殖 アポトーシスなど細胞内の様々なプロセスに重要な役割を担っている

Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq

NGS Maser 2013/10/17 Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq

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RNA-Seq ~ 研究に合わせたアプリケーションの選び方 ~ June 12, 2015 山重りえイルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio,

Design 1 – Title Slide

イルミナウェビナー NextSeq 500 シリーズ RNA Seq 時代到来 : NextSeq が実現する簡単 高速 安価なトランスクリプトーム解析 2014 年 9 月 16 日イルミナ株式会社シーケンシングスペシャリスト鈴木健介 2013 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray,

機能ゲノム学（第6回）

RNA-Seqデータ解析における正規化法の選択 :RPKM 値でサンプル間比較は危険?! 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 よりよい正規化法とは? その正規化法によって得られたデータを用いて発現変動の度合いでランキングしたときに

研究報告書レイアウト例（当該年度が最終年度ではない研究班の場合）

長寿医療研究開発費平成 24 年度総括研究報告 老化関連トランスクリプトームデータベース構築 (23-8) 主任研究者 直江吉則国立長寿医療研究センター研究所老化機構研究部免疫研究室 ( 室長 ) 研究要旨老化研究における遺伝子発現マイクロアレイデータベースは世界中未だ存在しないことから 幼若ならびに加齢マウスから臓器 組織ならびに細胞から RNA を抽出し マイクロアレイを用いてそれら臓器 組織ならびに細胞の遺伝子発現プロファイルを得

Microsoft Word - 2TXL実施要綱 doc

RNA-seq

RNA-seq 1 RNA-seq 解析フロー RNA-seq インポート クオリティチェック RNA-seq 発現差解析 この資料では RNA-seq からの説明となりますが インポート クオリティチェックについては サポート資料のページより内容をご確認いただけます 2 データ 発現解析用デモデータは 以下よりダウンロードいただけます ES 細胞 (ESC) と神経前駆細胞 (NPC) の発現解析を小さなデモデータで行えます

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント 変異検出 CLC Genomics Workbench または Biomedical Genomics Workbench

Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by Synthesis SBS HiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCAC OCAC PR

Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by SynthesisSBSHiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCACOCAC PRACTICALBRCA1/2 CIMBA www.illuminakk.co.jp DNA CE DNA DNA

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1 2 molecule Body sample pre fractionate separation processing analysis informatics Cell culture Validation Organelle fractionation Protein separation Digestion 1000 1500 2000 Mass (m/z) LC/mass spec db

第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平

第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平 l シーケンスをする目的は? 概略 l よいシーケンスライブラリーとは? RNA-seq ライブラリーのムリ ムダ ムラ l いろいろな RNA-seq

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上原記念生命科学財団研究報告集, 22(2008) 113. アテローム動脈硬化に関与する単球 / マクロファージ特異的 microrna 群の同定 深尾太郎 Key words: 動脈硬化,microRNA, マクロファージ, 炎症, マウス * 東京大学大学院工学系研究科化学生命工学専攻 緒言動脈硬化は, 先進国における死因群の主たる原因となる重大な疾患である. 加齢や生活習慣がその発症や程度に大きく関わることから,

シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会

シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life

ゲノム情報解析基礎 ～ Rで塩基配列解析 ～

トランスクリプトーム解析の現況 ~ マイクロアレイ vs. RNA-seq~ 東京大学 大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ 1 スライド PDF はウェブから取得可能です 2 ステレオタイプなイメージ

PowerPoint プレゼンテーション

機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

<4D F736F F F696E74202D E838A B83805F D B838093FC96E55F E707074>

トランスクリプトーム解析 プロテオーム解析入門 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター 油谷幸代 内容 背景 トランスクリプトーム解析 プロテオーム解析 背景 (1/6) - セントラルドグマとゲノム情報解析 - セントラルドグマ ゲノム情報解析 DNA Genome mrna Transcriptome Protein Proteome Genome とは? 背景 (2/6) - ゲノムとは?-

Partek 社の NGS データ解析ソリューションは次世代シーケンサーから出力されたファイルを読み込んで 参 照ゲノム配列へのアラインメント データの品質管理 統計解析 ゲノム統合解析 生物学的解釈 各種グラフ やゲノムビューアーでの表示など NGS のデータ解析をすべてサポートします ファイルの

NGS データ解析ソフトウェア アラインメントから生物学的解釈まですべての解析をサポートコマンド入力なしにNGSのデータ解析を実行可能 NGSデータを使った発現解析 (Single Cell RNA-seq RNA-seq mirna-seq) 変異解析(DNA-seq) エピゲノム解析 (ChIP-seq) メタゲノム解析(Metagenomics) に対応 データを選択するとデータの種類 (FASTQ

図 1 ヘテロクロマチン化および遺伝子発現不活性化に関わる因子ヘテロクロマチン化および遺伝子発現不活性化に関わる DNA RNA タンパク質 翻訳後修飾などを示した ヘテロクロマチンとして分裂酵母セントロメアヘテロクロマチンと哺乳類不活性 X 染色体を 遺伝子発現不活性化として E2F-Rb で制御

第 2 章エピジェネティクスと遺伝子発現制御機構 6. ヘテロクロマチン化の分子機構 定家真人, 中山潤一 ヘテロクロマチンは DNA RNA タンパク質からなる高度に凝縮した構造であり 真核生物染色体の維持に必須の領域であるセントロメア テロメアの機能に重要な役割を果たしている 分子レベルの詳細な研究により ヘテロクロマチン化に関わる分子群およびその機構は 発生 分化や細胞周期などに依存した遺伝子特異的な発現の不活性化と共通点が多いことが明らかにされてきた

人工知能補足_池村

私くしにとって 生涯の指針となっている木村先生の教え 1. 想定外の発見の重要性 à unsupervised data mining for big data 2. 技術への信頼と技術開発の重要性 2D gel à BLSOM trna の二次元分離 : Methods in Enzymology 長さに依存する分離 想定外の 米国での Post Doc の時代 高分離能 長さに依存しない分離 29

1. はじめに 1. はじめに 1-1. KaPPA-Average とは KaPPA-Average は KaPPA-View( でマイクロアレイデータを解析する際に便利なデータ変換ソフトウェアです 一般のマイクロアレイでは 一つのプロー

KaPPA-Average 1.0 マニュアル 第 1.0 版 制作者 : かずさ DNA 研究所櫻井望 制作日 : 2010 年 1 月 12 日 目次 1. はじめに 2 1-1. KaPPA-Average とは 2 1-2. 動作環境 3 1-3. インストールと起動 3 2. 操作説明 4 2-1. メイン機能 - Calc. Average 4 2-1-1. データの準備 4 2-1-2.

RT-PCR プロトコール.PDF

Real -Time RT-PCR icycler iq Bio Rad RT-PCR RT-PCR 1 icycler iq Bio Rad icycler iq 30 2 Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit (amersham pharmacia biotech) Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit QuantiTect

次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析

次世代シークエンサーを用いた がんクリニカルシークエンス解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 がん遺伝子パネル がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用のアッセイキット コストの低減や 研究プログラムの簡素化に有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて 1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため より高感度な変異の検出が可能 2 変異データ解析パイプライン

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ

モンテカルロ法による分子進化の分岐図作成 のための最適化法 石井一夫 1 松田朋子 2 古崎利紀 1 後藤哲雄 2 1 東京農工大学 2 茨城大学 2013 9 9 2013 1 我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標

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PCR Enzymes & Instruments PCR Stratagene Gradient Cycler Problem PCRDNA Polymerase Solution Stratagene Gradient Cycler PCRQuikChange 3 Stratagene Gradient Cycler 96 96 Fast 384 3 3 0.4 0.1 12 96 Fast 384

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ISSN 0916-3328 東京大学アイソトープ総合センター VOL. 37 NO. 4 2007. 3. 26 アイソトープ総合センターの将来展望 40 18 18 20 3 800 1/3 1300 14 18 20 3 19 2 生きた細胞内の分子過程を 時間 空間計測する蛍光プローブの開発 1. はじめに Fura-2 Fura-2 198 1, 2 3, 4 2. 生体脂質分子の機能とその分析

GWB_RNA-Seq_

CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : RNA-Seq 編 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 Advanced RNA-Seq プラグイン CLC Genomics Workbench 9.0 / Biomedical Genomics Workbench 3.0 以降で使用可能な無償プラグイン RNA-Seq

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上原記念生命科学財団研究報告集, 24(2010) 145. 難治性白血病原因遺伝子 Evi-1 を起点とした omics 解析 合山進 Key words:evi-1, 造血幹細胞, 白血病, エピジェネティクス * 東京大学医学部附属病院輸血部 緒言 Evi-1 は骨髄性白血病や骨髄異形成症候群で高頻度に活性化されている転写因子であり,Evi-1 関連白血病は治療抵抗性で予後不良であるため, 白血病難治性の鍵となる分子として注目されている

[Business Communication]

相互作用ネットワーク パスウェイが さくさく書けるフリーツールの紹介 バイオメディシナル情報統合チーム長井陽子 平成 23 年度第 4 回データベース講習会創薬研究における統合データベースの活用 2012/3/16 分子生物学的な知識の増加 1 つの分子でも様々な機能的役割を担っている 分子間の相互作用や因果関係は複雑で膨大である 大規模なデータの管理や知識の整理に視覚化ツールを活用することができる

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上原記念生命科学財団研究報告集, 26 (2012) 114. 四肢における骨格筋幹細胞制御機構の探求 佐藤貴彦 Key words: 骨格筋, 発生, 筋衛星細胞,Pax3,miRNA 京都大学再生医科学研究所 再生増殖制御学分野 緒言骨格筋は, 皮膚や肝臓などとともに成体において強い再生能力を保持している組織である. それ故に骨格筋幹細胞から骨格筋へと分化する過程が胚発生中のみならず, 骨格筋の再生時にも認められる.

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

1 1.1 Excel Excel Excel log 1, log 2, log 3,, log 10 e = ln 10 log cm 1mm 1 10 =0.1mm = f(x) f(x) = n

1 1.1 Excel Excel Excel log 1, log, log,, log e.7188188 ln log 1. 5cm 1mm 1 0.1mm 0.1 4 4 1 4.1 fx) fx) n0 f n) 0) x n n! n + 1 R n+1 x) fx) f0) + f 0) 1! x + f 0)! x + + f n) 0) x n + R n+1 x) n! 1 .

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Agilent 4200 TapeStation Agilent 4200 TapeStation 3 1 2 2 3 ScreenTape 3 Agilent 4200 TapeStation QC Agilent 4200 TapeStation Ready-to-use ScreenTape 8 PCR 96-well plate 1 96 1 qrt-pcr DNA RNA DNA / RNA

れており 世界的にも重要課題とされています それらの中で 非常に高い完全長 cdna のカバー率を誇るマウスエンサイクロペディア計画は極めて重要です ゲノム科学総合研究センター (GSC) 遺伝子構造 機能研究グループでは これまでマウス完全長 cdna100 万クローン以上の末端塩基配列データを

報道発表資料 2002 年 12 月 5 日 独立行政法人理化学研究所 遺伝子の機能解析を飛躍的に進める世界最大規模の遺伝子情報を公開 - 遺伝子として認知されていなかった部分が転写されていることを実証 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は マウスの完全長 cdna 160,770 クローンの塩基配列および機能アノテーション ( 機能注釈 ) 情報を公開します これは 現在までに人類が収得している遺伝子の約

CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー: 変異解析編

CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : 遺伝子発現解析編 12 th Feb., 2016 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 biosupport@filgen.jp Feb., 2016_V2 1 遺伝子発現解析概要 本日のセミナーにおける解析の流れ及び使用するツール名 ( 図中赤枠部分 ) Case Control インポート インポート インポート

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

東京医科歯科大学医歯学研究支援センター illumina Genome Analyzer IIx 利用基準 平成 23 年 10 月 1 日医歯学研究支援センター長制定 ( 趣旨 ) 第 1 条次世代型シークエンサーはヒトを含むあらゆる生物種の全ゲノム配列の決定 全エキソンの変異解析 トランスクリプ

東京医科歯科大学医歯学研究支援センター illumina Genome Analyzer IIx 利用基準 平成 23 年 10 月 1 日医歯学研究支援センター長制定 ( 趣旨 ) 第 1 条次世代型シークエンサーはヒトを含むあらゆる生物種の全ゲノム配列の決定 全エキソンの変異解析 トランスクリプトーム解析など様々な解析に応用されており 本学の研究者にとってもその利用の要望が高まってきている 本学医歯学研究支援センターに設置された次世代型シークエンサー

CBRC CBRC DNA

2001 3 2001 4 2004 4 CBRC CBRC DNA 生命現象のシステム的理解のために 生命の単位 細胞は非常に複雑 システム バイオロジー 生命現象を記述するモデル 細胞はいつ なにをするのか 生命現象は遺伝子が制御している 遺伝子ネットワーク 遺伝子発現を記述するモデル 構造解明 医療技術 創薬 シミュレーション 2001 2002 2003 2004 2005 1. 2001-2005

結果 この CRE サイトには転写因子 c-jun, ATF2 が結合することが明らかになった また これら の転写因子は炎症性サイトカイン TNFα で刺激したヒト正常肝細胞でも活性化し YTHDC2 の転写 に寄与していることが示唆された ( 参考論文 (A), 1; Tanabe et al.

氏名 ( 本籍 ) 田辺敦 ( 神奈川県 ) 学位の種類博士 ( 学術 ) 学位記番号学位授与年月日学位授与の要件学位論文題名 甲第 64 号平成 28 年 3 月 15 日学位規則第 3 条第 2 項該当 RNA ヘリカーゼ YTHDC2 の転写制御機構と癌転移における YTHDC2 の 役割についての解析 論文審査委員 ( 主査 ) 佐原弘益 ( 副査 ) 村上賢 滝沢達也 代田欣二 論文内容の要旨

図 1 マウス細胞におけるヘテロクロマチン じて凝集したままの状態を維持しており, 構造的ヘテロク ロマチンと非常によく似た構造を持つと考えられている. 不活性化 X の例では, 染色体レベルでヘテロクロマチン 化するという大きな構造変化を受けるが, 染色体上には ミクロなレベルの不活性化領域が多く

ヘテロクロマチン 構造形成と維持の分子メカニズム 中山潤一 ヘテロクロマチンは高度に凝集したクロマチン構造であり, 遺伝子の発現を安定に維持するばかりでなく染色体の機能にも重要な役割を果たしている. ここ数年の研究によって, ヘテロクロマチン構造の分子レベルの理解が飛躍的に進展した. 特にヘテロクロマチンの高次の構造は, ヒストンのメチル化修飾酵素とメチル化されたヒストンを認識して結合するクロマチン蛋白質によって形成されていることが明らかになった.

Title 骨量規定転写因子シュニュリ3の新規標的遺伝子同定と機能解析 Author(s) 石堂, 康弘 Citation Issue Date 2014-06-27 URL http://hdl.handle.net/10232/24125 http://ir.kagoshima-u.ac.jp adult (Schnurri, Shn)3/Hivep3 Runx2 Shn/Hivep Shn3

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Ion PGM Heterogeneity * 1 * 1 * 2 * 2 * 2 * 2 * 2 * 1 *1 * 2 DNA DNA DNA ArcturusXT LCM Laser Capture Microdissection LCM A Workflow for Cancer Profiling Applied Biosystems ViiA7 PCR qpcr QC Assay Ion

研究成果報告書

21 5 28 2007 2008 CARElk CARPXR CAR CAR EST cdna CAR CAR 10FCS 96 SW480 HepG2 anti-lamin A/C anti-phospho-histone H3 anti-cyclin D1 G1 anti-cyclin A S CAR lamin A/C CAR Fig. 1 Lamin A/C /G1 lamin A/C G1

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■リアルタイムPCR実践編

リアルタイム PCR 実践編 - SYBR Green I によるリアルタイム RT-PCR - 1. プライマー設計 (1)Perfect Real Time サポートシステムを利用し 設計済みのものを購入する ヒト マウス ラットの RefSeq 配列の大部分については Perfect Real Time サポートシステムが利用できます 目的の遺伝子を検索して購入してください (2) カスタム設計サービスを利用する

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99 100 101 2004 284 265 260 257 235 225 222 211 207 205 200 197 192 190 183 183 183 183 180 176 171 169 166 165 156 152 149 143 141 141 138 138 136 126 126 125 123 123 122 118 110 109 108 107 107 105 100

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第 1 回遺伝子治療等臨床研究に関する指針の見直しに関する専門委員会 平成 29 年 4 月 12 日 ( 水 ) 資料 6-1 ゲノム編集技術の概要と問題点 筑波大学生命科学動物資源センター筑波大学医学医療系解剖学発生学研究室 WPI-IIIS 筑波大学国際睡眠医科学研究機構筑波大学生命領域学際研究 (TARA) センター 高橋智 ゲノム編集技術の概要と問題点 ゲノム編集とは? なぜゲノム編集は遺伝子改変に有効?

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

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AKT活性を抑制するペプチ ド阻害剤の開発 野口 昌幸 北海道大学遺伝子病制御研究所 教授 広村 信 北海道大学遺伝子病制御研究所 ポスドク 岡田 太 北海道大学遺伝子病制御研究所 助手 柳舘 拓也 株式会社ラボ 研究員 ナーゼAKTに結合するタンパク分子を検索し これまで機能の 分からなかったプロトオンコジンTCL1がAKTと結合し AKT の活性化を促す AKT活性補助因子 であることを見い出し