疾患関連遺伝子の long-range PCR Nextera解析2.pptx
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- しょうすけ あいきょう
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1 イルミナウェビナー 2013 年年 6 月 19 日 疾患関連遺伝 子の long- range PCR Nextera 解析 国 立立遺伝学研究所 人類遺伝研究部 門 細道 一善
2 本 Webinar について 比較的 手軽な次世代シーケンサーの使い 方 数 十kb 程度度の領領域 ( 遺伝 子 ) をシーケンスしたい 数 十検体のシーケンスをしたい PCR 産物をクローニングしてシーケンスするような解析 HiSeq2500
3 Nextera のライブラリー調整の詳細
4 遺伝 子のシーケンス エクソーム解析 GWAS 連鎖解析 原因遺伝 子 別の検体における 遺伝 子のシーケンス タンパク質コーディング遺伝 子 平均 長 53.6kb 最 小 数 100bp 最 大 2.4 Mb (DMD dystrophin) 平均エクソン数 9.8 ( エクソン平均 長 288bp) 最 大 363 (TTN titin) 最 小 1
5 ターゲットリシーケンス法 ハイブリダイゼーションによる濃縮 TruSeq Custom Enrichment Kit ( イルミナ ) SureSelect DNA Capture ( アジレント ) Haloplex ( アジレント ) SeqCap EZ choice library ( ロシュ ) など PCR アンプリコン TruSeq カスタムアンプリコン ( イルミナ )
6 ターゲットリシーケンス法 ハイブリダイゼーションによる濃縮 TruSeq Custom Enrichment Kit ( イルミナ ) SureSelect DNA Capture ( アジレント ) Haloplex ( アジレント ) SeqCap EZ choice library ( ロシュ ) など PCR アンプリコン TruSeq カスタムアンプリコン ( イルミナ ) Long- range PCR & Nextera kit
7 long- range PCR の増幅 長 約 10kb 約 20kb M M kb 23.13kb 21.23kb 増幅 長 (bp) 増幅 長 (bp) 増幅 長 (bp) , , ,078 11, ,459 21, , ,623 10,071 20, , , ,196 23, , , ,127 12, ,406 21, ,438 10, ,972 22, ,335 10, ,776 21, ,335 21,306
8 long- range PCR Nextera 解析 ~実験の流流れ ~ 1. ロング PCR プライマー設計 2. ロング PCR 増幅 3. Nextera kit によるライブラリー調整 4. MiSeq によるラン
9 ロング PCR プライマー設計 プライマー設計の条件 Tm 値 68 塩基数 26mer プライマー配列列がゲノム内でユニーク プライマー設計位置に SNP が無い ロング PCR 産物の 長さ 10kb- 20kb (DNA の質にもよる )
10 2 ステップ PCR (10kb) DNA(20ng) 0.5 μl 5 x Buffer 2 μl dntp Mixture 0.8 μl Primer F 5uM 0.4 μl Primer R 5uM 0.4 μl PrimeSTAR GXL 0.4 μl H 2 O 5.5 μl total 10.0 μl 94 o C 2 min 98 o C 10 sec 68 o C 5 min 4 o C 30cycles 増幅 長約 20kb の場合は 10min PCR 酵素 TaKaRaPrimeSTAR GXL DNA Polymerase TOYOBO KOD FX KFX- 101 など R050A
11 ロング PCR プライマー設計 プライマー設計の条件 Tm 値 68 塩基数 26mer プライマー配列列がゲノム内でユニーク プライマー設計位置に SNP が無い ロング PCR 産物の 長さ 10kb- 20kb (DNA の質にもよる ) GC% が低い領領域では Tm68 にするためにプライマー 長が 30mer を超えてしまう
12 PCR 増幅の 比較 ( プライマーが 長い場合 ) ステップダウン 2 ステップ 12.2kb M PCR サイクル条件を変更更
13 ステップダウン PCR ( プライマーが 長い場合 ) DNA(20ng) 0.5 μl 5 x Buffer 2 μl dntp Mixture 0.8 μl Primer F 5uM 0.4 μl Primer R 5uM 0.4 μl PrimeSTAR GXL 0.4 μl H 2 O 5.5 μl total 10.0 μl 94 o C 2 min 98 o C 10 sec 74 o C 5 min 98 o C 10 sec 72 o C 5 min 98 o C 10 sec 70 o C 5 min 98 o C 10 sec 68 o C 5 min 4 o C 5cycles 5cycles 5cycles 20cycles 増幅 長約 20kb の場合は 10min
14 Nextera DNA Sample Preparation Kit によるライブラリ調整 Nextera transposome とアダプターのテンプレート DNA への結合 断 片化とアダプターの結合 (Tagmentation) 最 大 96 サンプル のマルチプレックス PCR による Index と アダプター配列列の追加 PCR 産物 10 ng Library length : 500bp ~ >1.2kb 90 分
15 Nextera kit によるライブラリー調整 ( 標準プロトコール ) ロング PCR 増幅 Tagmentation 精製 Zymo- Spin1-96plate ライブラリーの PCR 増幅 精製 AMPure XP bead PCR 産物 (50ng) 20ul TD 25ul TDE1 5ul Index1 primer 5ul Index2 primer 5ul NPM 15ul PPC 5ul Tagmentation DNA 20ul 55 o C 5min 10 o C 72 o C 3min 98 o C 30sec 98 o C 10sec 63 o C 30sec 5cycles 72 o C 3min 10 o C
16 Nextera kit によるライブラリー調整 (1/5 量量プロトコール ) ロング PCR 増幅 Tagmentation 精製 Zymo- Spin1-96plate ライブラリーの PCR 増幅 精製 AMPure XP bead PCR 産物 (10ng) 4ul TD 5ul TDE1 1ul Index1 primer 1ul Index2 primer 1ul NPM 3ul PPC 1ul Tagmentation DNA 4ul 55 o C 5min 10 o C 72 o C 3min 98 o C 30sec 98 o C 10sec 63 o C 30sec 7cycles 72 o C 3min 10 o C
17 Nextera ライブラリ 長の最適化 使 用する PCR 産物の量量により Nextera ライブラリーの 長さが異異なるため実験デザインに応じた条件を決定 51bp インサート 長 47bp 断 片 長 Index primer 1 (i7) 39bp + 8bp 5 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT[i7]GTCTCGTGGGCTCGG Index primer 2 (i5) 43bp + 8bp 5 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC[i5]TCGTCGGCAGCGTC 断 片 長 - 98bp = インサート 長
18 GC 含量量の 高い遺伝 子 Low depth Low depth ex7 ex6 ex5 ex4 ex3 ex2 ex1 CCCCTCTGCCCCACCCACCCCCAGACCCGCCACCCCACCCAC 78.6% GC GC contents (%) (A) (B)
19 Nextera kit によるライブラリー調整 ( 高 GC% プロトコール ) ロング PCR 増幅 Tagmentation 精製 Zymo- Spin1-96plate ライブラリーの PCR 増幅 精製 AMPure XP bead PCR 産物 (10ng) 4ul TD 5ul TDE1 1ul Index1 primer 1ul Index2 primer 1ul 2 Kapa HiFi HS RM 5ul PPC 1ul Tagmentation DNA 2ul 55 o C 5min 10 o C 72 o C 3min 98 o C 30sec 98 o C 10sec 63 o C 30sec 7cycles 72 o C 3min 10 o C
20 GC 含量量の 高い遺伝 子 Nextera KAPA LA Kit (A) PCR 酵素 KAPA BIOSYSTEMS KAPA Library Amplification Kit KAPA BIOSYSTEMS Kapa HiFi Hotstart mastermix (B) KK2611 KK2602 など
21 100kb 以上の遺伝 子の PCR 増幅例例 M M 10.2kb (kb) 162,312 bp ライブラリー作成 各 PCR 産物を等量量プール
22 プールしたライブラリーの MiSeq によるラン
23 シーケンスの評価と原因候補変異異の検出 ( 例例 ) アライメントされた read 数 : 211,479 アライメントされた read の割合 : 84.64% 平均 depth : 平均カバレッジ % : 94.79% Muta3ons Case (n=85) Japanese (n=127) 1000G PhyloP GERP++ SIFT PolyPhen2 c.c3784t p.r1262w c.t3216a p.n1072k c.a3029g p.e1010g c.a2713t p.m905l
24 long- range PCR Nextera 解析 ~ HLA 遺伝 子の解析 ~ 1. HLA 遺伝 子シーケンスの意義 2. PCR からシーケンス 3. 物理理的情報に基づく相の決定 4. HLA 遺伝 子解析パイプライン Hosomichi K et al. BMC Genomics PMID:
25 HLA とは HLA(Human Leukocyte Antigen = ヒト 白 血球抗原 ) 1954 年年 白 血球の 血液型として発 見見 組織適合性抗原 (MHC; Major Histocompatibility Complex) ヒトに関しては MHC = HLA
26 HLA 領領域のゲノム配列列 6p21 Shiina T et al HLA 領領域の特徴 252 の遺伝 子 6 つの古典的 HLA 遺伝 子と少なくとも 132 のタンパク質をコードする遺伝 子を含む 極めて 高度度な多型性を 示す 100 以上の疾患および薬剤副作 用と関連する
27 MHC クラス I HLA- A, - C, - B など 内在抗原提 示 細胞性免疫 MHC 分 子 SP α1 α2 α3 TM CY 5ʼ UTR ex ʼ UTR HLA クラス I 分 子 α2 α3 TM CY α1 β2mg MHC クラス II α 鎖遺伝 子 HLA- DRA1, - DQA1など β 鎖遺伝 子 HLA- DRB1, - DQB1, - DPB1など 外来性抗原提 示 液性免疫 SP α1 α2 TM/CY ex ʼ UTR SP β1 β2 TM CY ex ʼ UTR HLA クラス II 分 子 β1 α1 β2 α2 TM CY
28 HLA アレルの命名法
29 HLA クラス I α1 および α2 ドメインの 多様性 5 amino acids 3 α2 α3 3 3 pep3de α1 β2μ 日本 人で頻度度の 高い HLA- B アレル 5 種間 アミノ酸配列列での類似性 : 88.9% 塩基配列列での類似性 : 93.9% TM CY HLA class I
30 IMGT/HLA データベースに登録されている HLA アレル数 Numbers of HLA Alleles HLA Class I Alleles 7,089 HLA Class II Alleles 2,065 HLA Alleles 9,154 HLA Class I Gene A B C Alleles 2,244 2,934 1,788 Proteins 1,612 2,211 1,280 Nulls HLA Class II Gene DRB DQB1 DPB1 Alleles 1, Proteins 1, Nulls IMGT/HLA database Version Report ( )
31 現 行行のHLAタイピング法 PCR- SBT (sequencing based typing) 5 UTR ex1 ex2 ex3 ex4 ex5 ex6 ex7 ex8 3 UTR シーケンス PCR 増幅 HLA アレルの推定 複数の組み合わせ候補 CombinaZon 1 B*07:021 + B*35:011 CombinaZon 2 B*07:18 + B*35:05 CombinaZon 3 B*07:09 + B*35:34 CombinaZon 4 B*07:24 + B*35:15 Ambiguity
32 HLA 遺伝 子のロング PCR HLA-A HLA-C HLA-B HLA-DRB1 HLA-DQB1 HLA-DPB1 Locus length (bp) HLA- A 3,398 HLA- C 4,296 HLA- B 4,440 HLA- DRB1 11,899 HLA- DQB1 7,118 HLA- DPB1 13,605 HLA- M A C B DRB1 DQB1 DPB1
33 Nextera と MiSeq による HLA 遺伝 子のシーケンシング PCR 増幅 locus Length (bp) HLA- A 3,398 HLA- B 4,296 HLA- C 4,440 HLA- DRB1 11,899 HLA- DQB1 7,118 HLA- DPB1 13,605 ライブラリ調整 Nextera DNA Sample PreparaZon Kit (illumina) シーケンシング MiSeq v2 (illumina) Read length 2 x 250 bp Output Gb Total Zme 39 hr データ解析
34 HLA 遺伝 子配列列決定の概要 Sequence reads Alignment SNVs HLA-B Diplotype sequence ATG TAC 250bp 600bp CAA TTG CAA TTG 800bp TAC AGG TAC AGG 1000bp T C
35 HLA- B エクソン 2 および 3 maximum differences = 80 in the read(250bp) Heterozygous SNVs
36 HLA 遺伝 子配列列決定の概要 Sequence reads Alignment SNVs HLA-B Diplotype sequence ATG TAC 250bp 600bp CAA TTG CAA TTG 800bp TAC AGG TAC AGG 1000bp T C
37 HLA 遺伝 子配列列決定の概要 Sequence reads Alignment SNVs HLA-B Diplotype sequence ATG TAC 250bp 600bp CAA CAA TTG TTG 800bp TAC TAC AGG AGG 1000bp T C
38 Nextera DNA ライブラリのサイズ選択 Agarose gel size selec3on
39 HLA 遺伝 子配列列決定の概要 Sequence reads Alignment SNVs HLA-B Diplotype sequence ATG TAC 250bp 600bp CAA CAA TTG TTG 800bp TAC TAC AGG AGG 1000bp T C
40 HLA 遺伝 子配列列決定の概要 Sequence reads Alignment SNVs HLA-B Haplotype sequences ATG TAC CAA TTG TAC AGG T C 250bp 600bp 800bp 1000bp
41 相を特定した2つのHLA 遺伝 子配列列の アライメントの構築 Alignment Sequence reads SNVs Aligned sequence Construc3ng phased alignments ATG TAC CAA CAA TTG TTG TAC TAC AGG AGG T C HLA haplotype sequence 1 HLA haplotype sequence 2
42 ハプロタイプに分類したアライメント HLA- B ex7 ex6 ex5 ex4 ex3 ex2 ex1 Before phasing Phased haplotype 1 Phased haplotype 2
43 HLA ハプロタイプシーケンス決定のワークフロー hg19 reference Paired- read fastq maximum differences = 80 Alignment to HLA gene sequence of hg19 reference BWA, Samtools, Picard bam ファイル Detect SNVs and Indels UnifiedGenotyper in GATK vcf ファイル Phase haplotype using heterozygous SNVs on PE reads Perl script 独 自フォーマット SNV テーブル Divide alignment into two phased one as haplotype Perl script 2 つの sam ファイル Create consensus sequence FastaAlternateReferenceMaker in GATK, Perl script fasta ファイル Haplotype sequence
44 決定した HLA 遺伝 子完全配列列の HLA アレル決定 HLA haplotype sequence 1 HLA haplotype sequence 2 BLAT による検索索 IMGT/HLA データベース 一部のエクソン 遺伝 子全 長 CDS 配列列 HLA アレル の決定 B*07:02:01 HLA アレルを決定することよりも HLA 遺伝 子の塩基配列列を完全に決定することが本質
45 決定した HLA 遺伝 子配列列 Sample ID PCR- SSO Next- gen SBT Average read depth (allele1 / allele2) Determined sequence (%) (allele1 / allele2) 1 B*51:01:01 B*15:02 B*51:01:01 B*15:02: / / B*07:02:01 B*15:02 B*07:02:01 B*15:02: / / B*35:01:01 B*15:02 B*35:01:01:01 B*15:02: / / B*15:21 B*15:02:01 B*15:21 B*15:02: / / B*35:05 B*15:02:01 B*35:05:01 B*15:02: / / B*15:18 B*15:02 B*15:18:01 B*15:02: / / B*40:06:01:01 B*15:02 B*40:06:01:01 B*15:02: / / B*52:01:01 B*15:02 B*52:01:01:01 B*15:02: / / B*15:01:01:01 B*57:01:01 B*15:01:01:01 B*57:01: / / B*54:01 B*57:01:01 B*54:01:01 B*57:01: / / B*40:06:01:01 B*57:01:01 B*40:06:01:01 B*57:01: / / B*15:11:01 B*57:01:01 B*15:11:01 B*57:01: / / B*15:01:01:01 B*57:01:01 B*15:01:01:01 B*57:01: / / B*44:03:01 B*57:01:01 B*44:03:01 B*57:01: / / B*55:07 B*58:01 B*55:07 B*58:01: / / B*38:01:01 B*58:01 B*38:01:01 B*58:01: / / B*48:01:01 B*58:01 B*48:01:01 B*58:01: / / B*35:01:01 B*58:01:01 B*35:01:01:01 B*58:01: / / B*15:25:01 B*58:01:01 B*15:25:01 B*58:01: / / B*54:01 B*58:01:01 B*54:01:01 B*58:01: / / B*51:02:01 B*58:01:01 B*51:02:01 B*58:01: / / B*51:01:01 B*58:01:01 B*51:01:01 B*58:01: / / B*51:02:01 B*58:01:01 B*51:02:02 B*58:01: / / B*39:23 B*58:01:01 B*39:23 B*58:01: / / 100
46 決定した HLA 遺伝 子配列列 Sample ID PCR- SSO Next- gen SBT Average read depth (allele1 / allele2) Determined sequence (%) (allele1 / allele2) 1 B*51:01:01 B*15:02 B*51:01:01 B*15:02: / / B*07:02:01 B*15:02 B*07:02:01 B*15:02: / / B*35:01:01 B*15:02 B*35:01:01:01 B*15:02: / / B*15:21 B*15:02:01 B*15:21 B*15:02: / / B*35:05 B*15:02:01 B*35:05:01 B*15:02: / / B*15:18 B*15:02 B*15:18:01 B*15:02: / / B*40:06:01:01 B*15:02 B*40:06:01:01 B*15:02: / / B*52:01:01 B*15:02 B*52:01:01:01 B*15:02: / / B*15:01:01:01 B*57:01:01 B*15:01:01:01 B*57:01: / / B*54:01 B*57:01:01 B*54:01:01 B*57:01: / / B*40:06:01:01 B*57:01:01 B*40:06:01:01 B*57:01: / / B*15:11:01 B*57:01:01 B*15:11:01 B*57:01: / / B*15:01:01:01 B*57:01:01 B*15:01:01:01 B*57:01: / / B*44:03:01 B*57:01:01 B*44:03:01 B*57:01: / / B*55:07 B*58:01 B*55:07 B*58:01: / / B*38:01:01 B*58:01 B*38:01:01 B*58:01: / / B*48:01:01 B*58:01 B*48:01:01 B*58:01: / / B*35:01:01 B*58:01:01 B*35:01:01:01 B*58:01: / / B*15:25:01 B*58:01:01 B*15:25:01 B*58:01: / / B*54:01 B*58:01:01 B*54:01:01 B*58:01: / / B*51:02:01 B*58:01:01 B*51:02:01 B*58:01: / / B*51:01:01 B*58:01:01 B*51:01:01 B*58:01: / / B*51:02:01 B*58:01:01 B*51:02:01 B*58:01: / / B*39:23 B*58:01:01 B*39:23 B*58:01: / / 100
47 ハプロタイプに分類したアライメント HLA- B ex7 ex6 ex5 ex4 ex3 ex2 ex1 Before phasing Phased haplotype 1 Phased haplotype 2
48 決定した HLA 遺伝 子配列列 Sample ID PCR- SSO Next- gen SBT Average read depth (allele1 / allele2) Determined sequence (%) (allele1 / allele2) 1 B*51:01:01 B*15:02 B*51:01:01 B*15:02: / / B*07:02:01 B*15:02 B*07:02:01 B*15:02: / / B*35:01:01 B*15:02 B*35:01:01:01 B*15:02: / / B*15:21 B*15:02:01 B*15:21 B*15:02: / / B*35:05 B*15:02:01 B*35:05:01 B*15:02: / / B*15:18 B*15:02 B*15:18:01 B*15:02: / / B*40:06:01:01 B*15:02 B*40:06:01:01 B*15:02: / / B*52:01:01 B*15:02 B*52:01:01:01 B*15:02: / / B*15:01:01:01 B*57:01:01 B*15:01:01:01 B*57:01: / / B*54:01 B*57:01:01 B*54:01:01 B*57:01: / / B*40:06:01:01 B*57:01:01 B*40:06:01:01 B*57:01: / / B*15:11:01 B*57:01:01 B*15:11:01 B*57:01: / / B*15:01:01:01 B*57:01:01 B*15:01:01:01 B*57:01: / / B*44:03:01 B*57:01:01 B*44:03:01 B*57:01: / / B*55:07 B*58:01 B*55:07 B*58:01: / / B*38:01:01 B*58:01 B*38:01:01 B*58:01: / / B*48:01:01 B*58:01 B*48:01:01 B*58:01: / / B*35:01:01 B*58:01:01 B*35:01:01:01 B*58:01: / / B*15:25:01 B*58:01:01 B*15:25:01 B*58:01: / / B*54:01 B*58:01:01 B*54:01:01 B*58:01: / / B*51:02:01 B*58:01:01 B*51:02:01 B*58:01: / / B*51:01:01 B*58:01:01 B*51:01:01 B*58:01: / / B*51:02:01 B*58:01:01 B*51:02:01 B*58:01: / / B*39:23 B*58:01:01 B*39:23 B*58:01: / / 100
49 HLA- B*58:01 の塩基配列列の 比較 HLA- B ex7 ex6 ex5 ex4 ex3 ex2 ex1
50 HLA 解析ツール (1) p- galaxy hdp://p- galaxy.ddbj.nig.ac.jp
51 DDBJ パイプラインの詳細
52 HLA 解析ツール (2)
53 HLA 解析パイプライン
54 HLA 解析パイプライン
55 HLA 解析パイプライン
56 HLA 解析パイプライン
57 ご質問等は までご連絡ください
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Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています
平成２６年度「統合化推進プログラム（統合データ解析トライアル）」 研究開発課題名: HLA遺伝子完全配列決定パイプラインの構築
平成 26 年度 統合化推進プログラム ( 統合データ解析トライアル ) 研究開発課題名 : HLA 遺伝子完全配列決定 パイプラインの構築 国立遺伝学研究所総合遺伝研究系 人類遺伝研究部門 細道一善 2014 細道一善 ( 国立遺伝学研究所 ) licensed under CC 表示 2.1 日本 研究開発内容 1. 研究開発の必要性 2. 予備的な知見 3. 研究項目とその進め方 haplotype
手順 ) 1) プライマーの設計 発注変異導入部位がプライマーのほぼ中央になるようにする 可能であれば 制限酵素サイトができるようにすると確認が容易になる プライマーは 25-45mer で TM 値が 78 以上になるようにする Tm= (%GC)-675/N-%mismatch
Mutagenesis 目的 ) 既存の遺伝子に PCR を利用して変異を導入する 1 点変異導入方法 ) Quik Change Site-Directed Mutagenesis Kit(Stratagene) のプロトコールを流用 http://www.stratagene.com/products/showproduct.aspx?pid=131 Kit 中では DNA polymerase
DynalTransplantDiagnostic.indd
2011 1 SeCore HLA SBT 1 2 AllSet + Gold SSP HLA 7 3 SSP UniTray HLA 11 4 27 5 32 ii 1 SeCore HLA SBT SeCore 2 SeCore HLA SBT SeCore 3 SeCore 4 HLA-I 5 HLA-II 5 utype 5 GSSP 6 1 SeCore HLA SBT Sequencing
MHC 2013; 20 ( 2 QC QC DNA-QC 3. QCWS 集会参加および参加証明書発行 QCWS QCWS QCWS 解析方法 DNA-QC Luminex SSO SSO SSP SBT QC FlowPRA Lab Screen WAK Flow ICFA 4 HL
Major Histocompatibility Complex 2013; 20 (: 13 16 QCWS # 1. ワークショップの経過 24 1 QCWS HP QCWS 24 2 57 DNA-QC 53 QC 38 1 20 QCWS DNA-QC QC 4 QCWS 4 4 4 16 QCWS 5 21 57 DNA-QC 53 QC 37 5 6 7 HP 8 25 HP 2. QCWS
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Nextera/Nextera XT サンプル調製キットの使用法とトラブルシューティング 酒井名朋子 Sr. Technical Applications Scientist イルミナ株式会社 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS
研究用 16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS 説明書 v201705da 本製品は イルミナ社 MiSeq で 16S rrna 細菌叢解析を行うための PCR 増幅キットです 細菌 16S rrna 遺伝子の V3-V4 領域を対象とし PCR 酵素に 多様な配列を効率よく増幅可能な Tks Gflex DNA Polymerase
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HLA/MICA imputation 法による MHC 領域内遺伝リスクの fine-mapping 岡田随象 Paul IW de Bakker Soumya Raychaudhuri SNP2HLA working group 東京医科歯科大学疾患多様性遺伝学分野テニュアトラック講師 MHC 領域における疾患罹患リスク 関節リウマチ (RA) におけるゲノムワイド関連解析結果 (19,234
Microsoft PowerPoint - LongRangePCR+Nextera webinar (with cover) RevC (本番)
狙った領域を高カバレッジにカバーする Long Range PCR + Nextera 法のご紹介 : ヒトミトコンドリアゲノム解析を例に Oct 3, 2014 ( 注意 ) 一部動画ファイル (http://www.illuminakk.co.jp/events/webinar_japan.ilmn?ws=ss) に修正を入れさせていただきアップロードいたします 小林孝史イルミナ株式会社テクニカルサポート部テクニカルアプリケーションサイエンティスト
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イルミナ NGS でロングリードを可能にする TruSeq Synthetic Long-Read ライブラリー調製キット : ワークフローのご紹介および注意点 November 28, 2014 崎川真里イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace,
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DNA typing SSO & SSP Japanese Red cross fukuoka hospital HLA Hiroki Hashiguchi 2010/09/19 Tokyo -Volumea. 10μg/100μL b. 20μg/200μL (SSP) HLA-A HLA-B HLA-C HLA-DRB1 HLA-DQB1 ID allele #1 allele #2 allele
PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase
研究用 PrimeSTAR GXL DNA Polymerase 説明書 v201308da PrimeSTAR GXL DNA Polymerase は PrimeSTAR HS DNA Polymerase を改良し さらに独自の伸長因子を組み合わせることにより PCR パフォーマンスを飛躍的に向上させた 画期的な High Fidelity PCR 酵素です 非常に高い正確性を維持しながら これまでの
シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会
シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life
Sequence Read Archive 2013 年年 10 月 25 日 第 10 回シーケンサー利利 用技術講習会 ( 理理研横浜 ) 1
Sequence Read Archive 1 塩基配列列データベース アノテーション DDBJ アセンブリ DDBJ Center アライメント シークエンシングと サンプリング Sequence Read Archive 2 増 大する SRA データ 千兆塩基 目前 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra/ 3 SRA は INSDC の 一員 INSDC:
NGS_KAPA RNA HyperPrep Kit
シークエンシングワークフロー ライブラリー調製 サンプル 調製 末端修復 エンドポイントライブラリー増幅 A-TAILING アダプター ライゲーション サイズセレクション & サイズ確認 または リアルタイムライブラリー増幅 ライブラリー 定量 クラスター 増幅 KAPA RNA HyperPrep Kit illumina社用ライブラリー調製キット KAPA RNA HyperPrep Kit
GWB
NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント
GWB
NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント 変異検出 CLC Genomics Workbench または Biomedical Genomics Workbench
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Dual Index を持つ Library のシーケンサーセットアップ 小林孝史テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx,
2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < Enrichment アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサ
2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2014 Illumina, Inc. All rights
サンプルシート作成ツール： Illumina Experimental Manager（IEM）の使用方法 －最新バージョンIEMv1.15のご紹介－
サンプルシート作成ツール : Illumina Experimental Manager (IEM) の使用方法 - 最新バージョン v1.15.1 のご紹介 - 上利佳弘フィールドアプリケーションスーパーバイザー 25-Jul-2018 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. For Research Use Only. Not for use in diagnostic
次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析
次世代シークエンサーを用いた がんクリニカルシークエンス解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 がん遺伝子パネル がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用のアッセイキット コストの低減や 研究プログラムの簡素化に有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて 1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため より高感度な変異の検出が可能 2 変異データ解析パイプライン
NEBNext Direct Target Enrichment Technology 次世代シーケンサー用遺伝子パネル be INSPIRED drive DISCOVERY stay GENUINE
NEBNext Direct Target Enrichment Technology 次世代シーケンサー用遺伝子パネル be INSPIRED drive DISCOVERY stay GENUINE NEBNext Direct エクソーム パネル NEBNext Direct ワークフロー ターゲット領域の濃縮と NGS ライブラリー調製 ターゲット遺伝子 ゲノム DNA 断片化 変性 & プローブ
Multiplex PCR Assay Kit
研究用 Multiplex PCR Assay Kit 説明書 v201510da マルチプレックス PCR は 一つの PCR 反応系に複数のプライマー対を同時に使用することで 複数の遺伝子領域を同時に増幅する方法です マルチプレックス PCR を行うことで 試薬や機材の節約による経済性 同時検出による迅速性でのメリットに加え 貴重なサンプルの有効利用も可能です しかし マルチプレックス PCR
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Integrated Biology Solutions 2009 1 Nature, Science, Am. J. Human Genet. 1 120 mer 2 DNA crna 120 mer crna DNA crna DNA 1 Publication Compendium p/n5990-7233en 2Nat Biotechnol. 2009 Feb;272:182-9. Epub2009
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NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索
サンプルのマルチプレックスおよび下流の解析におけるインデックスのミスアサインメントの影響
サンプルのマルチプレックスおよび下流の解析におけるインデックスのミスアサインメントの影響 インデックスのミスアサインメントの原因と インデックスホッピングの影響を軽減するベストプラクティス はじめに 次世代シーケンス (NGS) 技術の改良により シーケンススピードが大幅に向上し データ出力が飛躍的に増加したことで 現在のシーケンスプラットフォームにおいて大規模なサンプルの解析が可能になりました 10
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NGS をはじめよう! これだけは知っておきたい MiSeq ~ 解析原理と必要な試薬キット 装置の使い方 ~ June 27, 2014 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress,
1 HLA MHC 2017; 24 (2) HLA HLA 1967 HLA HLA HLA HLA 1980 HLA HLA ABO HLA 2000 HLA DSA 2010 HLA HLA HLA HLA HLA HLA HLA HLA HLA GVHD HLA HLA
Major Histocompatibility Complex 2017; 24 (2): 150 157 抄録集 1 HLA 2017 5 13 150 1 HLA MHC 2017; 24 (2) HLA 1960 1964 HLA 1967 HLA HLA HLA HLA 1980 HLA HLA ABO HLA 2000 HLA DSA 2010 HLA HLA HLA HLA HLA HLA
PrimeScript® II 1st strand cDNA Synthesis Kit
研究用 PrimeScript II 1st strand cdna Synthesis Kit 説明書 v201208da 目次 I. 概要... 3 II. キットの内容... 4 III. 保存... 4 IV. 1st-strand cdna 合成反応... 5 V. RT-PCR を行う場合... 6 VI. RNA サンプルの調製について... 6 VII. 関連製品... 7 VIII.
Microsoft PowerPoint _illumina_techsupport_session02_公開用_RevB [互換モード]
![Microsoft PowerPoint _illumina_techsupport_session02_公開用_RevB [互換モード]](/thumbs/100/147813922.jpg "Microsoft PowerPoint _illumina_techsupport_session02_公開用_RevB [互換モード]")
トラブルシューティング編 Nextera ライブラリー調製キットシリーズで期待通りのライブラリーを得るためのヒント March 6, 2015 150511 RevB: 一部修正 小林孝史イルミナ株式会社テクニカルサポート部テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2014 Illumina, Inc. All rights reserved.illumina, 24sure, BaseSpace,
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NGS をはじめよう!RNA-Seq 入門 ( キットの選び方 実験デザイン ) April 18, 2014 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
PrimeSTAR® HS DNA Polymerase
研究用 PrimeSTAR HS DNA Polymerase 説明書 v201309da PrimeSTAR HS DNA Polymerase は タカラバイオが独自に開発した高い正確性と高い増幅効率を併せ持つ DNA polymerase です 本酵素は非常に強力な 3-5 exonuclease 活性を有し DNA 合成において抜群の校正力を示す一方 Taq DNA Polymerase に優る高い増幅効率も示します
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平 l シーケンスをする目的は? 概略 l よいシーケンスライブラリーとは? RNA-seq ライブラリーのムリ ムダ ムラ l いろいろな RNA-seq
リード・ゲノム・アノテーションインポート
リード ゲノム アノテーションインポート 1 Location と Folder ロケーション フォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能です フォルダの一番上位の階層を Location と呼び その下の階層を Folder と呼びます データの保存場所はロケーション毎に設定可能です たとえばあるデータは C ドライブに保存し あるデータは D ドライブに保存するといった事が可能です
■リアルタイムPCR実践編
リアルタイム PCR 実践編 - SYBR Green I によるリアルタイム RT-PCR - 1. プライマー設計 (1)Perfect Real Time サポートシステムを利用し 設計済みのものを購入する ヒト マウス ラットの RefSeq 配列の大部分については Perfect Real Time サポートシステムが利用できます 目的の遺伝子を検索して購入してください (2) カスタム設計サービスを利用する
MHC23-3
Major Histocompatibility Complex 2016; 23 (3): 168 184 1) 2) 3) 4) 5) 1) 6) 7) 8) 1) 2) 3) 4) HLA 5) 6) 7) 8) HLA 11 25 28 10 22 1 4 61 44 6 1 10 11 5 HLA 60 3 27 3 5 9 5 10 19 5 50 22.4 5.9 8.2% 78.7%
2
1 2 / SCAR Sequence characterized amplified region DNA DNA 34 ( GSW100 SP2-002 SR2-015 SR3-004 11-22-1 11-22-2 11-24-3 11-24-4 11-191-1 12-217-1 12-249-1 14-218-21 04/05-29 04/05-66 04/05-73 12-202-2 (LP)
150602_AN_SureSelect と KAPA Hyper Prep.indd
Agilent SureSelect KAPA Hyper Prep Kit DNA 10 ng : FFPE DNA DNA V2.5BJ 2015 5 & : KAPA Hyper Prep Kit SureSelect XT :KAPA Hyper Prep Kit, SureSelect, Agilent SureSelect XT PCR Primer KAPA Hyper Prep Kit
Pyrobest ® DNA Polymerase
Pyrobest DNA Polymerase 説明書 v201102da 対活Pyrobest DNA Polymerase は Pyrococcus sp. 由来の 3' 5' exonuclease 活性 (proof reading 活性 ) を有する耐熱性 α 型 DNA ポリメラーゼです α 型 DNA ポリメラーゼは Pol I 型ポリメラーゼ (Taq DNA ポリメラーゼなど )
LA PCR™i n vitro Cloning Kit
研究用 LA PCR in vitro Cloning Kit 説明書 v201201da 本キットは Cassette および Cassette Primer を使用することにより cdna やゲノム上の未知領域を特異的に増幅させる従来の PCR in vitro Cloning Kit に 長鎖 DNA を効率良く増幅する LA PCR Technology を応用したシステムです これにより
Introduction to Illumina Next Generation Sequencing (NGS)
イルミナ Sequencing By Synthesis (SBS) ケミストリーのご紹介 小林孝史イルミナ株式会社 テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2013 Illumina, Inc. ll rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, Beadrray, BeadXpress, cbot, SPro, DSL, DesignStudio,
TaKaRa PCR Human Papillomavirus Typing Set
研究用 TaKaRa PCR Human Papillomavirus Typing Set 説明書 v201703da 本製品は さまざまなタイプの Human Papillomavirus(HPV) において塩基配列の相同性の高い領域に設定したプライマーを consensus primer として用いることにより HPV の E6 と E7 を含む領域 (228 ~ 268 bp) を共通に PCR
Bacterial 16S rDNA PCR Kit
研究用 Bacterial 16S rdna PCR Kit 説明書 v201802da 微生物の同定は 形態的特徴 生理 生化学的性状 化学分類学的性状などを利用して行われますが これらの方法では同定までに時間を要します また 同定が困難な場合や正しい結果が得られない場合もあります 近年 微生物同定にも分子生物学を利用した方法が採用されるようになり 微生物の持つ DNA を対象として解析を行う方法が活用されています
PowerPoint プレゼンテーション
V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by Synthesis SBS HiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCAC OCAC PR
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by SynthesisSBSHiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCACOCAC PRACTICALBRCA1/2 CIMBA www.illuminakk.co.jp DNA CE DNA DNA
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イルミナテクニカルセミナー session3 Illumina Experiment Manager の使い方 サービス サポート部テクニカルサポートサイエンティスト渡辺真子 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, Eco, Genetic
Microsoft PowerPoint - Final _LibraryQC_andTroubleshooting_August2013
BioAnayzer を使用した Library QC と トラブルシューティング 田中敦成イルミナ株式会社 テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Iumina, Inc. A rights reserved. Iumina, iuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco,
PowerPoint プレゼンテーション
NGS 超入門 MiSeq システムのご紹介 イルミナ株式会社サービス サポート部仲健太 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre,
MiSeq Reporter Software Overview
MiSeq を使用した研究計画のご提案 小林孝史 (Takafumi KOBAYASHI, PhD) イルミナ株式会社テクニカルサポート Email:techsupport@illumina.com 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot,
BKL Kit (Blunting Kination Ligation Kit)
製品コード 6126/6127 BKL Kit (Blunting Kination Ligation Kit) 説明書 PCR 産物を平滑末端ベクターにクローニングする場合 使用するポリメラーゼ酵素の種類により 3' 末端に余分に付加された塩基を除去し さらに 5' 末端をリン酸化する必要があります 本製品は これらの一連の反応を簡便に短時間に行うためのキットです PCR 産物の末端平滑化とリン酸化を同時に行うことにより
計画研究 年度 定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用 田平 知子 1) 久木田 洋児 2) 堀内 孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所 林 健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所 研究の目的と進め方 3) 九州大学病院 研究期間の成果 ポストシークエンシン
計画研究 2005 2009 年度 定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用 田平 知子 1) 久木田 洋児 2) 堀内 孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所 林 健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所 研究の目的と進め方 3) 九州大学病院 研究期間の成果 ポストシークエンシング時代のゲノム科学研究では 多因子性 遺伝性疾患の関連解析による原因遺伝子探索が最重要課題であ 1.
Multiplex PCR Assay Kit Ver. 2
研究用 Multiplex PCR Assay Kit Ver. 2 説明書 v201510da マルチプレックス PCR は 一つの PCR 反応系に複数のプライマー対を同時に使用することで 複数の遺伝子領域を同時に増幅する方法です マルチプレックス PCR を行うことで 試薬や機材の節約による経済性 同時検出による迅速性でのメリットに加え 貴重なサンプルの有効利用も可能です 本キットは高速にプライミングする酵素とプライマーのアニーリングの特異性を極限まで高めた反応液組成とを組み合わせたマルチプレックス
MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.3
研究用 MightyAmp DNA Polymerase Ver.3 説明書 v201805da MightyAmp DNA Polymerase は 究極の反応性を追求して開発された PCR 酵素であり 通常の PCR 酵素では増幅が困難な PCR 阻害物質を多く含むクルードな生体粗抽出液を用いる場合にも その強力な増幅能により良好な反応性を示します MightyAmp DNA Polymerase
cDNA cloning by PCR
cdna cloning/subcloning by PCR 1. 概要 2014. 4 ver.1 by A. Goto & K. Takeda 一般的に 細胞または組織由来の RNA から作製した cdna(cdna pool) から 特定の cdna をベクターに組み込む操作を cdna cloning と呼ぶ その際 制限酵素認識配列を付与したオリゴ DNA primer を用いた PCR
PowerPoint プレゼンテーション
V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーして実行してください /home/admin1409/amelieff/ngs/reseq_command.txt マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてください
1. 腸管出血性大腸菌 (EHEC) の系統解析 上村健人 1. はじめに近年 腸管出血性大腸菌 (EHEC) による食中毒事件が度々発生しており EHEC による食中毒はその症状の重篤さから大きな社会問題となっている EHEC による食中毒の主要な汚染源の一つとして指摘されているのが牛の糞便である
1. 腸管出血性大腸菌 (EHEC) の系統解析 上村健人 1. はじめに近年 腸管出血性大腸菌 (EHEC) による食中毒事件が度々発生しており EHEC による食中毒はその症状の重篤さから大きな社会問題となっている EHEC による食中毒の主要な汚染源の一つとして指摘されているのが牛の糞便である これまでの報告によれば EHEC を糞便中に保有する牛は 0.6~11.9% といわれており 牛枝肉汚染の機会となり得ると畜場における解体処理が公衆衛生上重要視されている
V1 ゲノム R e s e q 変異解析 Copyright Amelieff Corporation All Rights Reserved.
V1 ゲノム R e s e q 変異解析 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーし て実行してください マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてくだ さい 2 本講義の内容 Reseq解析 RNA-seq解析 公開データ取得
NGSデータ解析入門Webセミナー
NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing
Tks Gflex™ DNA Polymerase
研究用 Tks Gflex DNA Polymerase 説明書 v201510da Tks Gflex DNA Polymerase は Thermococcus 属古細菌由来の DNA polymerase をベースに 反応阻害の要因となる酵素の鋳型 DNA に対する非特異的結合を抑制した改良型 PCR 酵素であり α 型特有の高い正確性に加えて優れた伸長性を有しています さらに タカラバイオ独自の強力な伸長因子と新規開発したプライミング特異性の向上物質
Quick guide_GeneArt Primer and Construct Design Tool_v1(Japanese)
GeneArt Primer and Construct Design Tool: GeneArt Seamless Cloning and Assembly Kit 編 released 11//01 1 The world leader in serving science 目次 キットの種類と特徴 GeneArt Primer and Construct Design Tool のご使用方法
Tks Gflex® DNA Polymerase
研究用 Tks Gflex DNA Polymerase 説明書 v201303da Tks Gflex DNA Polymerase は Thermococcus 属古細菌由来の DNA polymerase をベースに 反応阻害の要因となる酵素の鋳型 DNA に対する非特異的結合を抑制した改良型 PCR 酵素であり α 型特有の高い正確性に加えて優れた伸長性を有しています さらに タカラバイオ独自の強力な伸長因子と新規開発したプライミング特異性の向上物質
AmpliSeq for Illumina
AmpliSeq for Illumina 迅速 シンプルかつ堅牢なターゲットリシーケンシングソリューション イルミナ株式会社セグメントマーケティング部 January, 2018 1 2018 Illumina, Inc.All rights reserved. QB# 5553 本日の内容 AmpliSeq for Illumina の概要 AmpliSeq for Illumina の利点と性能
iSeq™100 シーケンスシステムのご紹介
iseq 100 シーケンスシステムのご紹介あらゆるラボにフィットする迅速で効率的な低スループットシーケンスを実現するイルミナの最新ソリューション イルミナ株式会社技術営業部小林孝史イルミナ株式会社セグメントマーケティング部藤原鈴子 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. 本日の内容 ラボの課題において iseq 100 システムが提供する解決法 iseq
Bacterial 16S rDNA Clone Library Construction Kit
研究用 Bacterial 16S rdna Clone Library Construction Kit 説明書 v201303da_2 Bacterial 16S rdna Clone Library Construction Kit は 環境中のバクテリアの群集構造を解析する手法の 1 つである 16S rdna Clone Library 法を効率良く行うために開発された タカラバイオ独自のシステムです
日本組織適合性学会誌第23巻2号
Major Histocompatibility Complex 2016; 23 (2): 115 122 HLA 1 1) 1) HLA MHC 1900 HLA HLA キーワード : HLA HLA HLA HLA 2 HLA HLA HLA 3 1 1 HLA HLA 図 1 2016 6 30 2016 8 2 105 0013 1 10 14 3 5 TEL: 03 5776 0048
無細胞タンパク質合成試薬キット Transdirect insect cell
発現プラスミドの構築 1. インサート DNA の調製開始コドンは出来るだけ 5'UTR に近い位置に挿入して下さい 経験的に ptd1 の EcoRV/KpnI サイトへのライゲーション効率が最も高いことを確認しています 本プロトコルに従うと インサートサイズにも依りますが 90% 以上のコロニーがインサートの挿入されたクローンとして得られます 可能な限り EcoRV/KpnI サイトへ挿入されるお奨めします
優れたエクソームシーケンスをIDT 社Exome Panel とイルミナ社Library Prep kit で実現
--- 優れたエクソームシーケンスを IDT 社 Exome Panel とイルミナ社 Library Prep kit で実現 --- Integrated DNA technologies 株式会社統括本部長矢野実 1 Integrated DNA Technologies (IDT) 1987 年に 現 CEO の Dr. Joseph Walder (M.D. PhD) により設立 現在 世界最大級の研究用カスタム核酸合成品のサプライヤー
PowerPoint プレゼンテーション
2013 年 11 月 20 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (4) 遺伝子のクローニング設計 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める 培養代謝物量
16 MHC 2018; 25 (1) 参加費 1 2, , ,000 会議等 :00 13: :00 13: :20 会場地図 TEL JR 350 m 57
Major Histocompatibility Complex 2018; 25 (1): 56 82 抄録集 16 2018 3 3 7 2 4 43 TEL 06 6962 7001 594 1101 840 TEL 0725 56 1220 56 16 MHC 2018; 25 (1) 参加費 1 2,000 2 1,000 3 3,000 会議等 1 3 3 13:00 13:10 2 3
3'-Full RACE Core Set
研究用 3'-Full RACE Core Set 説明書 v201703da RNA の解析において RT-PCR を利用することにより目的の領域を増幅した後 クローニングやシーケンスを行うことが可能です しかしながら mrna から完全長の cdna を得ることは困難であることが多く この様な場合 得られた cdna の情報を元にさらに上流や下流をクローニングする RACE(Rapid Amplification
AJACS_komachi.key
Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:
HotStarTaq Plus PCRプロトコールとトラブルシューティング( /2008)
February 2008 HotStarTaq Plus PCR HotStarTaq Plus DNA Polymerase HotStarTaq Plus Master Mix Kit PCR HotStarTaq Plus DNA Polymerase PCR 2 HotStarTaq Plus DNA Polymerase Q-Solution PCR 6 HotStarTaq Plus
CycleavePCR™ Library Quantification Kit (for Illumina)
研究用 CycleavePCR Library Quantification Kit (for Illumina) 説明書 v201811da イルミナ社の次世代シーケンサー (MiSeq Genome Analyzer IIx HiScanSQ HiSeq 1000 HiSeq 2000) は 一度に多量の DNA 分子の塩基配列を超並列に決定します 通常 解析に必要なライブラリーは DNA 断片の両端に指定のアダプターを連結することにより調製されます
PrimeSTAR® Max DNA Polymerase
PrimeSTAR Max DNA Polymerase 説明書 v201102da PrimeSTAR Max DNA Polymerase は 世界最速の伸長速度と PrimeSTAR HS DNA Polymerase が元来有する非常に高い正確性 高感度 高特異性 ならびに確実性を兼ね備えた世界最高水準の PCR 増幅システムです 酵素自体が有する高いプライミング効率と独自の伸長因子の添加により
KOD FX 説明書.pdf
14-04 取扱説明書 高成功率 PCR 酵素 KOD FX Code No. KFX-101 Code No. KFX-101X5 Code No. KFX-101X10 保存温度 -20 本製品は KOD DNA Polymerase をベースに開発された高性能 PCR 試薬です 優れた 増幅成功率 伸長性 増 幅効率 を示し 幅広い PCR において確実な結果を期待できます また 本酵素には
PrimeSTAR® Mutagenesis Basal Kit
PrimeSTAR Mutagenesis Basal Kit 説明書 v201107da 目次 I. キットの内容...3 II. 保存...3 III. 本システムの原理...3 IV. プライマー設計について...5 V. 操作...8 VI. 実験例...10 VII. トラブルシューティング...13 VIII. 関連製品...13 IX. 注意...13 2 PrimeSTAR Mutagenesis
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DNAタイピング結果解析 HP掲載用 試料説明 日本赤十字社 九州ブロック血液センター 黒田 ゆかり 22nd DNA-QCサンプル 購入した細胞から抽出したDNAを4サンプル配布 ルミネックスSSO法用の陰性コントロール DNase free water を配布 配布サンプル Sample ID (Cap Color) a.dna Label Color H31 H32 H33 Volume Label
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Introduction to key concepts in Illumina sequencing data analysis イルミナシーケンスデータ解析入門その前に 癸生川絵里 (Eri Kibukawa) Bioinformatics Support Scientist 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx,
アノテーション・フィルタリング用パイプラインとクリニカルレポートの作成
アノテーション フィルタリング用パイプラインと クリニカルレポートの作成 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 クリニカルシーケンス解析パイプライン 1. リファレンスゲノム配列へのアライメント / マッピング 2. 変異の検出 3. アノテーション付けとフィルタリング 4. レポートの作成 2 臨床現場で活用する場合は シンプルな操作性で 高度な専門知識がなくても使用できる
Bacterial 16S rDNA PCR Kit
研究用 Bacterial 16S rdna PCR Kit 説明書 v201307da 微生物の同定は 形態的特徴 生理 生化学的性状 化学分類学的性状などを利用して行われますが これらの方法では同定までに時間を要します また 同定が困難な場合や正しい結果が得られない場合もあります 近年 微生物同定にも分子生物学を利用した方法が採用されるようになり 微生物の持つ DNA を対象として解析を行う方法が活用されています
17-05 THUNDERBIRD SYBR qpcr Mix (Code No. QPS-201, QPS-201T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A4196K
17-05 THUNDERBIRD SYBR qpcr Mix (Code No. QPS-201, QPS-201T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A4196K - 18 - [1] 1 [2] 2 [3] 3 [4] 5 [5] : RNA cdna 13 [6] 14 [7] 17 LightCycler TM Idaho
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県立広島病院輸血部 藤井明美 その他 造血幹移植 臓器移植 輸血関連 SSP 法のみ その他 造血幹移植 臓器移植 輸血関連 SSP 法のみ 参加部門 a b c d 参加部門 a b c d No. DNA-QC Lab. No. 使用試薬 No. DNA-QC Lab. No. 使用試薬 1 25D04 H-1,H-2 2 25D06 L-1 3 25D10 L-4 4 25D11 L-2 5
Microsoft PowerPoint - SNGS_Ana講習会5月29日.pptx
NGS analyzer: 次世代シークエンス解析プログラム 独立行政法人理化学研究所情報基盤センター HPCI 計算生命科学推進プログラム須永泰弘 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 1 NGS analyzer とは? 次世代シークエンサー (NGS) からの塩基配列データを用いて マッピング PCR の除去 SNP タイピング 欠失挿入の検出を行う 一連の作業はパイプライン化してある
Presentation Title Arial 28pt Bold Agilent Blue
Focus your next-gen sequencing on DNA that matters SOLiD 効率的活用の決め手 SureSelect によるターゲットシーケンスの紹介 次世代シーケンシングの問題点を解決 次世代シーケンサの欠点読みたい場所だけを選んでシーケンスできない SureSelect で解決読みたい場所だけを選んでシーケンスする 大量の不要データ 例えば DNA-Seq
mRNA-Seq_SamplePrep.book
mrna Sequencing Sample Preparation Guide Topics 3 Introduction 4 RNA Input Recommendations 6 mrna-seq Sample Preparation Kit Contents 8 User-Supplied Consumables and Equipment 9 Purify the mrna 12 Fragment
TaKaRa PCR Human Papillomavirus Detection Set
研究用 TaKaRa PCR Human Papillomavirus Detection Set 説明書 v201703da 本製品は子宮頸癌において最も高頻度に検出される Human Papillomavirus(HPV)16 18 および 33 型をそれぞれ特異的に増幅し 検出するセットです HPV16 18 および 33 型の E6 を含む領域 (140 bp ただし HPV33 型は 141
Easy Sep
utype v7.1 簡易マニュアル 注 : この説明書は 英文添付文書の簡易訳です 製品に添付されている英文マニュアルも必ずご確認ください 1. システム要件 ソフトウェアをインストールするドライブは最低 1GB の空き容量が必要です Windows XP 及び Windows 7 で動作が確認されております 2. シークエンスファイル utype ではシークエンスの際に下記のルールでサンプル名を入力する必要があります
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NGS をはじめよう! Nextera Rapid Capture エクソームキットを用いたエクソームシーケンス - ウェット編 - April 24, 2015 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルサポート部テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2014 Illumina, Inc. All rights reserved.illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray,
Microsoft PowerPoint - 原稿案(QS3D アプリ集表紙).pptx
QuantStudio 3D デジタル PCR system アプリケーション集 r141010 デジタル PCR が可能にするアプリケーション デジタル PCR は核酸の絶対定量を必要とするアプリケーションにおいて リアルタイム PCR の限界を超える能力を提供する画期的な技術です 標準曲線を必要とせず 高感度 高精度な絶対定量を可能にする技術は 複数の遺伝子間における発現量の比較やレアバリアントの検出
研修コーナー
l l l l l l l l l l l α α β l µ l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l l
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医学研究における 次世代シーケンサ技術の活用 大阪府立成人病センター研究所 久木田洋児 IBISW2011 医学研究における次世代シーケンサーの用途 個人ゲノム解読 (Personal Genomics) のための技術 human genome re-sequencer 研究 一般的な疾患の遺伝素因探索 全ゲノム相関解析の検出限界以下 ( 付近 ) の稀な疾患変異探索 単遺伝子疾患原因遺伝子探索 (>3000
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バイオインフォマティクス 講習会 V 事前準備 が完了されている方は コンテナの起動 ファイルのコピー (Windows) まで 進めておいてください メニュー 1. 環境構築の確認 2. 基本的なLinuxコマンド 3. ツールのインストール 4. NGSデータの基礎知識と前処理 5. トランスクリプトのアッセンブル 6. RNA-seqのリファレンスcDNAマッピングとFPKM 算出 7. RNA-seqのリファレンスゲノムマッピングとFPKM
Microsoft Word - FMB_Text(PCR) _ver3.doc
2.PCR 法による DNA の増幅 現代の分子生物学において その進歩に最も貢献した実験法の1つが PCR(Polymerase chain reaction) 法である PCR 法は極めて微量の DNA サンプルから特定の DNA 断片を短時間に大量に増幅することができる方法であり 多大な時間と労力を要した遺伝子クローニングを過去のものとしてしまった また その操作の簡便さから 現在では基礎研究のみならず臨床遺伝子診断から食品衛生検査
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MiSeq Sample Sheet Quick Reference Guide (MiSeq サンプルシートクイックリファレンスガイド ) FOR RESEARCH USE ONLY Introduction ( はじめに ) 3 Setting Up the Sample Sheet ( サンプルシートのセットアップ ) 5 Sample Sheet Parameters ( サンプルシート )
5’-Full RACE Core Set
研究用 5 -Full RACE Core Set 説明書 v201703da RNA の解析において RT-PCR を利用することにより 目的の領域を増幅した後 クローニングやシーケンスを行うことが可能です しかしながら mrna から完全長の cdna を得ることは非常に困難であることが多く このような場合 得られた cdna の情報を元に さらに上流や下流をクローニングする RACE(Rapid
Major Histocompatibility Complex 2018; 25 (2): 抄録集 2 HLA A 3 128
Major Histocompatibility Complex 2018; 25 (: 128 138 抄録集 2018 4 14 A 3 128 MHC 2018; 25 ( HLA 2013 10.5 10 8 12 10 8 2016 CD34 + HLA NC 10 8 CD34 + CD34 + 10 6 NC10.5 2013.Apr 2014.Mar NC11 2014.Apr 2016.Jun
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14-04 取扱説明書 高正確 高効率 高速 PCR 酵素 KOD -Plus- Neo Code No. KOD-401 Code No. KOD-401X5 Code No. KOD-401X10 保存温度 -20 KOD -Plus- Neo は 鹿児島県小宝島の硫気孔より単離された超好熱始原菌 Thermococcus kodakaraensis KOD1 株由来の KOD DNA Polymerase
進化したNextera DNA Flex を用いたライブラリー調製
進化した Nextera DNA Flex を用いたライブラリー調製 フィールドアプリケーションサイエンティスト大出明 2018/10/31 2016 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip,