AmpliSeq for Illumina

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しほこやまがた
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AmpliSeq for Illumina 迅速シンプルかつ堅牢なターゲットリシーケンシングソリューション

2 本日の内容 AmpliSeq for Illumina の概要 AmpliSeq for Illumina の利点と性能 AmpliSeq for Illumina ワークフロー 2

3 本日の内容 AmpliSeq for Illumina の概要 3

4 最高のシーケンシングテクノロジー + 最高のアンプリコンケミストリー AmpliSeq for Illumina TM Shipping Now! 4

5 お客様の研究を拡大利点より柔軟により効率的によりよい性能価値シーケンス成功率アップより高精度な性能と幅広いオプション 1 時間の削減簡単なデザインとプロトコールコスト削減高い信頼性性能とサポート 2 貴重なサンプルを有効活用少量インプット 3 1. Virtually any species; proven performance of Illumina sequencing 2. Single sale and support point; lowest error rates with Illumina sequencing ng; 10 ng per pool even with degraded 5

6 新登場! AmpliSeq for Illumina 完全なターゲットリシーケンシングソリューションコンテンツカタログパネル受注生産パネルコミュニティパネルカスタムパネル試薬ライブラリー調製試薬インデックスシーケンスベンチトップに最適すべてのスループットに対応新製品 iseq にも対応イルミナからのみ販売およびサポート解析ローカルおよびクラウドベースの解析 BaseSpace Sequence Hub BaaseSpace Variant Interpreter 6

必要試薬の構成さまざまなスループットコンテンツに対応コンテンツの選択 Library PLUS 試薬

& カスタム <96 アンプリコン, 750 rxn >96 アンプリコン, 3000 rxn 3 種類をご用意

AmpliSeq CD 1 Indexes Set A for Illumina (96 indexes, 96

7 必要試薬の構成さまざまなスループットコンテンツに対応コンテンツの選択 Library PLUS 試薬インデックス以下より選択 : カタログパネル 24 rxn, 1 box 8 rxn Exome コミュニティ & カスタム <96 アンプリコン, 750 rxn >96 アンプリコン, 3000 rxn 3 種類をご用意 : 24 rxn; 1 box 96 rxn; 1 box 384 rxn; 4 boxes 現在 : AmpliSeq CD 1 Indexes Set A for Illumina (96 indexes, 96 samples) 1 box, plated Coming soon: 384 マルチプレックス 1. CD = コンビネーションデュアル 7

v3 BRCA Immune Response Transcriptome Human GEx Exome 3 細胞分子研究 1

8 AmpliSeq for Illumina ポートフォリオパネルオプション 8 カタログパネル 30 コミュニティパネルカスタムパネル Comprehensive Cancer Cancer Hotspot v2 Focus Comprehensive v3 BRCA Immune Response Transcriptome Human GEx Exome 3 細胞分子研究 1 複雑な疾患 2 免疫 2 感染症 1 神経 5 がん 16 遺伝性疾患 DNA 搭載済みゲノム 2018 年後半リリース予定カスタムゲノムカスタム RNA 8

AmpliSeq for Illumina ポートフォリオパネルオプション 8 カタログパネル 30 コミュニティパネル * カスタムパネル * 便利な小さなサンプルサイズ > 90% カバレッジ均一性 > 90% オンターゲット受注生産 <96 アンプリコン -- ~750 rxns >96 アンプリコン -- ~3000 rxns

9 AmpliSeq for Illumina ポートフォリオパネルオプション 8 カタログパネル 30 コミュニティパネル * カスタムパネル * 便利な小さなサンプルサイズ > 90% カバレッジ均一性 > 90% オンターゲット受注生産 <96 アンプリコン -- ~750 rxns >96 アンプリコン -- ~3000 rxns パネルの性能は保証外受注生産 <96 アンプリコン -- ~750 rxns >96 アンプリコン -- ~3000 rxns パネルの性能は保証外ハンズオン 1.5 時間合計 5~7 時間 DNA から結果まで 2.5 日 * 性能はイルミナで検証はしていませんが性能は一般的なデザインやアッセイ条件であるカタログパネルと通常同等です 9

10 本日の内容 AmpliSeq for Illumina の利点と性能 10

11 効率性 AmpliSeq for Illumina すべてのサポートをイルミナでオーダーをシンプルにトラブルシューティングをシンプルに迅速なプロトコール 1.5 hr HOT hr TOT 2 簡単なデザインプロセスオンラインで無料でデザインよりよいデザインのための最小のオプション難しいデザインはコンシェルジュがサポート 1. HOT = ハンズオン時間 2. TOT = 合計時間 11

12 柔軟性 AmpliSeq for Illumina サンプルタイプ DNA RNA 新鮮凍結分解少量 (1ng) パネルオプション 8 カタログパネル 30 コミュニティパネルカスタムパネルがん研究エクソームトランスクリプトームがん研究遺伝性疾患研究感染症研究 DNA 搭載済みゲノムカスタム RNA & ゲノム後半リリース予定 12

柔軟性 1 AmpliSeq for Illumina Exome (8 サンプル )

(40サンプル) Comprehensive v3 (48サンプル) MiniSeq MiSeq

サンプル ) Focus パネル (48 サンプル ) BRCA 体細胞 (80 サンプル )

Focus パネル (8 サンプル ) BRCA 体細胞 (12 サンプル ) Cancer

13 柔軟性 1 AmpliSeq for Illumina Exome (8 サンプル ) Comprehensive Cancer (12サンプル) Transcriptome (40サンプル) Comprehensive v3 (48サンプル) MiniSeq MiSeq NextSeq 装置のスループット iseq 100 Immune Response (24 サンプル ) Focus パネル (48 サンプル ) BRCA 体細胞 (80 サンプル ) Cancer Hotspot (96 サンプル ) BRCA 生殖細胞系列 (96 サンプル ) Focus パネル (8 サンプル ) BRCA 体細胞 (12 サンプル ) Cancer Hotspot (16 サンプル ) BRCA 生殖細胞系列 (96 サンプル ) 1. 推奨カバレッジに基づくランあたりのサンプル数アンプリコン数 13

14 柔軟性 1 AmpliSeq for Illumina カスタムパネルアンプリコン数 * ISeq 100 MiniSeq (MO / HO) MiSeq (v2 / v3) NextSeq (MO / HO) ラン当たりのサンプル数 12 to / / 333 > to / / 166 > to / / 83 > to / / / > to / / / to 768 NA 3 / 10 6 / / to 1536 NA NA / 5 3 / 5 27 / to 3072 NA NA NA 13 / to 6144 NA NA NA 6 / 平均 2500x カバレッジの場合 2. カスタムパネルの最大アンプリコン数は ~12,288 14

15 性能カタログパネルとカスタムパネルカタログ DNA パネルカスタム DNA パネル Uniformity (%) On-Target / Aligned (%) Illumina data on file Illumina data on file アンプリコン数アンプリコン数 , , > 95% オンターゲット 1 > 95% カバレッジ均一性 1 1. 検証したパネルの大部分で得られた結果 15

16 性能 AmpliSeq on CHP v2 Focus Comp v3 Comp Cancer Uniformity (%) On-Target / Aligned (%) ΔCq DNA quality Horizon formalin Horizon formalin Horizon formalin Horizon formalin 非常に低品質な DNA で性能が若干低下するのみ 16

性能高感度 1 と低い検出限界 10 ng インプット DNA MiSeq で 95% のアンプリコンが 500x 以上を実現 HD798 Mild formalin HD799 Moderate formalin HD803 Severe formalin Observed Variant Frequency (%) ΔCq = 0.1 ΔCq = 1.

17 性能高感度 1 と低い検出限界 10 ng インプット DNA MiSeq で 95% のアンプリコンが 500x 以上を実現 HD798 Mild formalin HD799 Moderate formalin HD803 Severe formalin Observed Variant Frequency (%) ΔCq = 0.1 ΔCq = 1.5 ΔCq = 4.5 Illumina data on file Expected Variant Frequency (%) がんパネルと低品質サンプルでの感度 1 と 5% MAF の検出限界 1. Refers to research sensitivity and does not refer to or imply diagnostic performance 17

18 AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 製品仕様がん遺伝子がん抑制遺伝子のホットスポット DNA 組織血液 > 95% 均一性 > 80% オンターゲットパフォーマンス 100% 90% Uniformity On-Target Aligned Reads 80% Cq DNA Quality High Medium Low >4.0 Very Low 70% Liver1 Cq: -1.8 AcroMetri x Cq: 0.0 HD798 Cq: 0.1 HD200 Cq: 0.3 Colon1 Cq: 0.3 Skin1 Cq: 1.2 Lung2 Cq: 1.5 HD799 Cq: 1.5 Breast1 Cq: 3.0 HD803 Cq: 4.5 Colon1 Cq: 6.4 Bone1 Cq: 6.9 Lung Cq:

19 AmpliSeq Focus Panel 製品仕様固形腫瘍関連 52 遺伝子 tumors DNA / RNA 組織血液 SNVs, indels, CNVs, 遺伝子融合 > 94% 均一性 > 80% オンターゲットパフォーマンス 100% 90% 80% Uniformity On-Target Aligned Reads Cq DNA Quality High Medium Low >4.0 Very Low 70% Liver1 Cq: -1.8 AcroMetri x Cq: 0.0 HD798 Cq: 0.1 HD200 Cq: 0.3 Colon1 Cq: 0.3 Skin1 Cq: 1.2 Lung2 Cq: 1.5 HD799 Cq: 1.5 Breast1 Cq: 3.0 HD803 Cq: 4.5 Colon1 Cq: 6.4 Bone1 Cq: 6.9 Lung Cq:

20 AmpliSeq Comprehensive Panel v3 製品仕様ホットスポット領域と全長遺伝子 161 遺伝子 DNA / RNA 組織血液 SNVs, indels, CNVs, 遺伝子融合 > 95% 均一性 > 85% オンターゲットパフォーマンス 100% 90% 80% Uniformity On-Target Aligned Reads Cq DNA Quality High Medium Low >4.0 Very Low 70% Liver1 Cq: -1.8 AcroMetri x Cq: 0.0 HD798 Cq: 0.1 HD200 Cq: 0.3 Colon1 Cq: 0.3 Skin1 Cq: 1.2 Lung2 Cq: 1.5 HD799 Cq: 1.5 Breast1 Cq: 3.0 HD803 Cq: 4.5 Colon1 Cq: 6.4 Bone1 Cq: 6.9 Lung Cq:

21 AmpliSeq Transcriptome and Immune Response Panel 製品仕様 Transcriptome Panel NCBI37/hg19 の 20,000 遺伝子以上 RefSeq の 95% パフォーマンス 80% 以上のアライメントリード高い再現性 Immune Response Panel - 免疫反応に関わる395 遺伝子 - 42 Kb ターゲット領域 - 高い再現性 Illumina data on file Illumina data on file 21

利点と性能まとめより効率的にライブラリー調製から解析まですべてイルミナでサポート迅速簡単なプロトコールカスタムパネルのための簡単なオンライン無料デザインより柔軟にデザイン済みコンテンツとカスタムコンテンツ幅広いアンプリコンサイズと使いやすいサンプルサイズわずか 1 ng の

22 利点と性能まとめより効率的にライブラリー調製から解析まですべてイルミナでサポート迅速簡単なプロトコールカスタムパネルのための簡単なオンライン無料デザインより柔軟にデザイン済みコンテンツとカスタムコンテンツ幅広いアンプリコンサイズと使いやすいサンプルサイズわずか 1 ng の DNA/RNA インプット量 iseq 100 から NextSeq までさまざまなスループットに対応ローカルとクラウドでの解析ソリューションよりよい性能低品質少量サンプルでも高精度な結果実績のある高精度イルミナシーケンサー高いオンターゲット高いカバレッジ均一性 >5% アリル頻度を検出 22

23 本日の内容 AmpliSeq for Illumina ワークフロー 23

24 AmpliSeq ケミストリー AmpliSeq Panel Library PLUS Index plate ng インプット推奨 10ng / プール合計 5 7 時間ハンズオン 1.5 時間 24

AmpliSeq for Illumina ケミストリー RNA 逆転写ハンズオン : 15 分合計 < 1 時間 RNA 増幅ハンズオン : 15 分合計 1.

25 AmpliSeq for Illumina ケミストリー RNA 逆転写ハンズオン : 15 分合計 < 1 時間 RNA 増幅ハンズオン : 15 分合計時間アダプターライゲーションハンズオン : 15 分合計 55 分増幅ハンズオン : 10 分合計 45 分定量と QC ハンズオン : 15 分合計 25 分ライブラリープールハンズオン : 10 分合計 10 分 DNA DNA の定量と希釈ハンズオン : 10 分合計 l 10 分一部のアンプリコンを消化ハンズオン : 10 分合計 50 分 FuPa Reagent クリーンアップハンズオン : 15 分合計 25 分クリーンアップハンズオン : 15 分合計 35 分合計 5 7 時間 1 希釈とノーマライゼーションハンズオン : 20 分合計 20 分 1. Total Time shown for AmpliSeq assay only; does not include DNA/RNA quantification/dilution or library quantification and dilution. 25

26 AmpliSeq for Illumina 効率的でシンプルなワークフロー Day 1 Day 2 Day 3 ライブラリー調製 5-7 時間シーケンス約時間 1 解析ハンズオン 1.5 時間 10 ステップ試薬充填済みカートリッジタッチパネル式操作ローカルとクラウドのオプション自動解析 1. Depends on instrument 26

インフォマティクスローカルとクラウドの柔軟なオプション装置上 1 ローカル装置外クラウド Local

NextSeq BaseSpace Sequence Hub (Secondary Analysis)

Sequence Hub (Tertiary Analysis) DNA, RNA, CNV DNA,

27 インフォマティクスローカルとクラウドの柔軟なオプション装置上 1 ローカル装置外クラウド Local Run Manager Sequence Hub 解析 iseq 100 MiniSeq MiSeq NextSeq BaseSpace Sequence Hub (Secondary Analysis) Local Run Manager (Secondary Analysis) BaseSpace Sequence Hub (Tertiary Analysis) DNA, RNA, CNV DNA, RNA Variant Interpreter Availability is platform specific

28 BaseSpace Variant Interpreter 豊富な情報を付加し注釈付きの結果に変換取得 & トラッキング解析 & 共有解釈 & レポートバリアントのキュレーション解釈にかかる時間を削減ターゲットパネルエクソーム全ゲノムを一つのワークフローで表現型で優先順位付けしたバリアントにフォーカススケーラブルで高品質な解釈 28

29 お客様の研究を拡大利点より柔軟により効率的によりよい性能価値シーケンス成功率アップより高精度な性能と幅広いオプション 1 時間の削減簡単なデザインとプロトコールコスト削減高い信頼性性能とサポート 2 貴重なサンプルを有効活用少量インプット 3 1. Virtually any species; proven performance of Illumina sequencing 2. Single sale and support point; lowest error rates with Illumina sequencing ng; 10 ng per pool even with degraded 29

30 ご清聴ありがとうございました 30

iSeq™100 シーケンスシステムのご紹介

iSeq™100 シーケンスシステムのご紹介 iseq 100 シーケンスシステムのご紹介あらゆるラボにフィットする迅速で効率的な低スループットシーケンスを実現するイルミナの最新ソリューションイルミナ株式会社技術営業部小林孝史イルミナ株式会社セグメントマーケティング部藤原鈴子 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. 本日の内容ラボの課題において iseq 100 システムが提供する解決法 iseq